在Imagej中自动识别转移到ROI中的对象

Question

我在我的领域面临着挑战，我需要一些建议。

我有一张树木年轮的照片。

要查看我想使用的照片，您可以从我的dropbox中进行检查：https://dl.dropboxusercontent.com/u/65873264/Sample.jpg

我想写一个宏/任务...其中程序将识别每个环并将其标记为投资回报率。我试图使这个任务使用一些插件：模板匹配，功能查找器和视觉抓取。但是这些环可能是极其可变的。

我需要的是这样的东西：使用分析粒子功能程序识别阈值图像上的所有血管（对象）。第二步很有趣：对于每个粒子，它检查周围0.5毫米范围内是否有粒子。如果是，它将创建一个包含两个粒子的ROI，并搜索0.5 mm范围内的下一个粒子。。。

有一种笑脸法[http://imagej.1557.x6.nabble.com/combine-particles-in-ROI-manager-automatically-td3692844.html]但这里宏首先计算两个连续粒子之间的差异，但我需要包括0.5mm范围内的所有粒子。

Answer 1

以下ImageJ宏代码使用ImageJ中的最大和最小过滤器对样本图像中的粒子执行形态学关闭操作，然后使用粒子分析器从这些粒子创建ROI：

open("https://dl.dropboxusercontent.com/u/65873264/Sample.jpg");
run("Duplicate...", "title=[Temporary Copy]");
run("8-bit");
setAutoThreshold("Default");
run("Analyze Particles...", "size=100-Infinity show=Masks clear include in_situ");
run("Maximum...", "radius=70");
run("Minimum...", "radius=70");
run("Analyze Particles...", "size=100-Infinity clear add");
selectWindow("Sample.jpg");
roiManager("Show All with labels");
roiManager("Show All");