CSV到Python中的稀疏矩阵

Question

我有一个很大的csv文件，其中列出了图中节点之间的连接。例：

0001,95784
0001,98743
0002,00082
0002,00091

因此，这意味着节点id
0001连接到节点95784和98743，依此类推。我需要将其读入numpy中的稀疏矩阵。我怎样才能做到这一点？我是python的新手，所以有关此的教程也将有所帮助。

Answer 1

使用scipy的lil_matrix（列表矩阵列表）的示例。

基于行的链表列表。

它包含一个self.rows行列表（），每个行都是一个非零元素列索引的排序列表。它还包含self.data这些元素的列表（）。

$ cat 1938894-simplified.csv
0,32
1,21
1,23
1,32
2,23
2,53
2,82
3,82
4,46
5,75
7,86
8,28

码：

#!/usr/bin/env python

import csv
from scipy import sparse

rows, columns = 10, 100
matrix = sparse.lil_matrix( (rows, columns) )

csvreader = csv.reader(open('1938894-simplified.csv'))
for line in csvreader:
    row, column = map(int, line)
    matrix.data[row].append(column)

print matrix.data

输出：

[[32] [21, 23, 32] [23, 53, 82] [82] [46] [75] [] [86] [28] []]