在HDF5（PyTables）中存储Numpy稀疏矩阵
我在用PyTables存储numpy csr_matrix时遇到问题。我收到此错误：
TypeError: objects of type ``csr_matrix`` are not supported in this context, sorry; supported objects are: NumPy array, record or scalar; homogeneous list or tuple, integer, float, complex or string
我的代码：
f = tables.openFile(path,'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(self.count_vector.dtype)
ds = f.createCArray(f.root, 'count', atom, self.count_vector.shape)
ds[:] = self.count_vector
f.close()
有任何想法吗？
谢谢
问题答案：
一个CSR矩阵可以从它的完全重建data，indices和indptr属性。这些只是常规的numpy数组，因此将它们作为3个单独的数组存储在pytables中，然后将它们传递回的构造函数应该没有问题csr_matrix。请参阅scipy文档。
编辑： Pietro的答案已指出该shape成员也应存储
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