Numpy-查找矩阵乘法的最近邻居

Question

我有一千个128维特征的数据集，其形状为（1000,128）。

我想找到形状为（128,1）的128维特征的排序最近的邻居。

通过数据集（1000,128）与要素（128,1）之间的矩阵乘法计算的距离，将得出形状相似的数组（1000,1）：

数据集（1000,128）x功能（128,1）=相似度（1000,1）

这是通过以下方式完成的：

# features.shape=(1000,128) ; feature.shape=(128,1) ; similarities.shape=(1000,1)
similarities = features.dot(feature)

在计算了距离（相似度）之后，我使用以下代码找到了最近的邻居：

# The n Nearest Neighbors Indexes (But Not Sorted)
nearest_neighbours_indexes_unsorted = np.argpartition(similarities, kth=-n)[-n:]

# The n Nearest Neighbors (But Not Sorted)
nearest_neighbours_similarities_unsorted = similarities[nearest_neighbours_indexes_unsorted]

# The Indexes of n Nearest Neighbors Sorted
nearest_neighbours_indexes_sorted = np.flip(nearest_neighbours_indexes_unsorted[np.argsort(nearest_neighbours_similarities_unsorted)], axis=0)

这段代码可快速处理数百万个数据（我想知道是否有人提示使其更快），但我希望能够一口气找到多个功能的最近邻居：

数据集（1000,128）x功能（128，n）=相似度（1000，n）

一种方法是为一个循环中的每个功能计算上述代码（这很慢），另一种方法是更改​​代码以适应多维索引，这就是我遇到的问题：我不知道如何编写上面的代码针对形状为（128，n）而非（128,1）的特征。

Answer 1

辅助函数可沿轴获取最大，最小的n索引元素

这是一个辅助函数，n-largest可使用np.argpartition和np.take_along_axis-从通用ndarray沿通用轴选择顶部索引。

def take_largest_indices_along_axis(ar, n, axis):    
    s = ar.ndim*[slice(None,None,None)]
    s[axis] = slice(-n,None,None)
    idx = np.argpartition(ar, kth=-n, axis=axis)[tuple(s)]
    sidx = np.take_along_axis(ar,idx, axis=axis).argsort(axis=axis)
    return np.flip(np.take_along_axis(idx, sidx, axis=axis),axis=axis)

扩展它以获得n个最小的索引-

def take_smallest_indices_along_axis(ar, n, axis):    
    s = ar.ndim*[slice(None,None,None)]
    s[axis] = slice(None,n,None)
    idx = np.argpartition(ar, kth=n, axis=axis)[tuple(s)]
    sidx = np.take_along_axis(ar,idx, axis=axis).argsort(axis=axis)
    return np.take_along_axis(idx, sidx, axis=axis)

并扩展这些n元素以选择最大或最小的元素本身，将使用下面np.take_along_axis列出的简单用法-

def take_largest_along_axis(ar, n, axis):
    idx = take_largest_indices_along_axis(ar, n, axis)
    return np.take_along_axis(ar, idx, axis=axis)

def take_smallest_along_axis(ar, n, axis):
    idx = take_smallest_indices_along_axis(ar, n, axis)
    return np.take_along_axis(ar, idx, axis=axis)

样品运行

# Sample setup
In [200]: np.random.seed(0)
     ...: ar = np.random.randint(0,99,(5,5))

In [201]: ar
Out[201]: 
array([[44, 47, 64, 67, 67],
       [ 9, 83, 21, 36, 87],
       [70, 88, 88, 12, 58],
       [65, 39, 87, 46, 88],
       [81, 37, 25, 77, 72]])

n沿轴取最大索引，元素-

In [202]: take_largest_indices_along_axis(ar, n=2, axis=0)
Out[202]: 
array([[4, 2, 2, 4, 3],
       [2, 1, 3, 0, 1]])

In [203]: take_largest_indices_along_axis(ar, n=2, axis=1)
Out[203]: 
array([[4, 3],
       [4, 1],
       [2, 1],
       [4, 2],
       [0, 3]])

In [251]: take_largest_along_axis(ar, n=2, axis=0)
Out[251]: 
array([[81, 88, 88, 77, 88],
       [70, 83, 87, 67, 87]])

In [252]: take_largest_along_axis(ar, n=2, axis=1)
Out[252]: 
array([[67, 67],
       [87, 83],
       [88, 88],
       [88, 87],
       [81, 77]])

n沿轴取最小的索引，元素-

In [232]: take_smallest_indices_along_axis(ar, n=2, axis=0)
Out[232]: 
array([[1, 4, 1, 2, 2],
       [0, 3, 4, 1, 0]])

In [233]: take_smallest_indices_along_axis(ar, n=2, axis=1)
Out[233]: 
array([[0, 1],
       [0, 2],
       [3, 4],
       [1, 3],
       [2, 1]])

In [253]: take_smallest_along_axis(ar, n=2, axis=0)
Out[253]: 
array([[ 9, 37, 21, 12, 58],
       [44, 39, 25, 36, 67]])

In [254]: take_smallest_along_axis(ar, n=2, axis=1)
Out[254]: 
array([[44, 47],
       [ 9, 21],
       [12, 58],
       [39, 46],
       [25, 37]])

在这里解决我们的情况

对于我们的情况，假设输入similarities的形状是，并且(1000,128)表示1000个数据点和128个要素，并且我们要n=10为每个数据点寻找最大的说要素，那么它将是-

take_largest_indices_along_axis(similarities, n=10, axis=1) # indices
take_largest_along_axis(similarities, n=10, axis=1) # elements

最终的索引/值数组将为shape (1000, n)。

以给定的数据集形状运行样本-

In [257]: np.random.seed(0)
     ...: similarities = np.random.randint(0,99,(1000,128))

In [263]: take_largest_indices_along_axis(similarities, n=10, axis=1).shape
Out[263]: (1000, 10)

In [264]: take_largest_along_axis(similarities, n=10, axis=1).shape
Out[264]: (1000, 10)

相反，如果您希望获得n每个功能的最大数据点，则最终的index / values数组将为shape (n, 128)，请使用axis=0。