Python / Numpy MemoryError

Question

基本上，在尝试对numpy矩阵执行代数运算时，我在python中遇到内存错误。变量u是一个大的double矩阵（在失败的情况下，它是288x288x156的double矩阵。在这种大情况下，我只会遇到此错误，但是我可以在其他大矩阵上做到这一点，只是不那么大）。这是Python错误：

 Traceback (most recent call last):

 File "S:\3D_Simulation_Data\Patient SPM Segmentation\20 pc
t perim erosion flattop\SwSim.py", line 121, in __init__
   self.mainSimLoop()

 File "S:\3D_Simulation_Data\Patient SPM Segmentation\20 pc
t perim erosion flattop\SwSim.py", line 309, in mainSimLoop
   u = solver.solve_cg(u,b,tensors,param,fdHold,resid) # Solve the left hand si
de of the equation Au=b with conjugate gradient method to approximate u

 File "S:\3D_Simulation_Data\Patient SPM Segmentation\20 pc
t perim erosion flattop\conjugate_getb.py", line 47, in solv
e_cg

u = u + alpha*p

MemoryError

u = u + alpha*p 是失败的代码行。

alpha只是两倍，而u和r是上述大型矩阵（都是相同的大小）。

我对内存错误了解不多，尤其是在Python中。任何见解/提示解决此问题将不胜感激！

谢谢

Answer 1

改写为

p *= alpha
u += p

这样会占用更少的内存。而p = p*alpha为的结果分配一个全新的矩阵p*alpha，然后丢弃旧的矩阵p; p*= alpha做同样的事情。

通常，对于大型矩阵，请尝试使用op=分配。