找出Numpy是否/使用哪个BLAS库

Question

我在不同的环境（MacOS，Ubuntu，RedHat）中使用numpy和scipy。通常，我通过使用可用的软件包管理器来安装numpy（例如，mac端口，apt，yum）。

但是，如果不手动编译Numpy，如何确定它使用BLAS库？使用mac端口，将ATLAS作为依赖项安装。但是，我不确定是否真的使用过。当我执行简单基准测试时，该numpy.dot()功能大约需要
时间是使用Eigen C ++库计算的点积的2倍。我不确定这是否是合理的结果。

最好的问候，Apo

Answer 1

numpy.show_config()并不总是提供可靠的信息。例如，如果我apt-get install python-numpy在Ubuntu
14.04上，输出np.show_config()如下所示：

blas_info:
    libraries = ['blas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
lapack_info:
    libraries = ['lapack']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
atlas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
blas_opt_info:
    libraries = ['blas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 1)]
atlas_blas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
openblas_info:
  NOT AVAILABLE
lapack_opt_info:
    libraries = ['lapack', 'blas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 1)]
...

看起来numpy正在使用标准CBLAS库。但是，我知道numpy使用的是OpenBLAS，它是通过libopenblas-dev软件包安装的。

检查*
nix的最明确方法是ldd在运行时查找numpy链接所针对的共享库（我没有Mac，但我认为可以otool -L代替ldd）。

• 对于低于v1.10的numpy版本：

  ~$ ldd /<path_to_site-packages>/numpy/core/_dotblas.so
  

如果_dotblas.so不存在，则可能意味着numpy最初编译时numpy无法检测到任何BLAS库，在这种情况下，它根本不构建任何依赖于BLAS的组件。

• 对于numpy v1.10及更高版本：

_dotblas.so已被删除，但您可以multiarray.so改为检查其依赖项：

    ~$ ldd /<path_to_site-packages>/numpy/core/multiarray.so

查看我通过apt-get以下方式安装的numpy版本：

~$ ldd /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/_dotblas.so 
    linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff12db8000)
    libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3 (0x00007fce7b028000)
    libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fce7ac60000)
    libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fce7a958000)
    libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007fce7a738000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fce7ca40000)

/usr/lib/libblas.so.3实际上是符号链接链的开始。如果使用跟随他们达到最终目标readlink -e，我会看到他们指向我的OpenBLAS共享库：

~$ readlink -e /usr/lib/libblas.so.3
/usr/lib/openblas-base/libblas.so.3