配置openmm环境

1. 配置python3.6版本的anaconda3-5.2.0

 从网址https://repo.continuum.io/archive/上寻找对应的版本

Anaconda3-5.2.0-Linux-x86.sh

507.3M

2018-05-30 13:05:46

81d5a1648e3aca4843f88ca3769c0830

用以下命令来下载文件到服务器 

wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

安装

bash Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

配置，在~/.bashrc 中添加 export PATH，然后source一下

2.安装openmm

输入下列命令从指定网址上下载openmm（与CUDA10.1配合使用）：

conda install -c omnia -c conda-forge openmm

其他版本 conda install -c omnia/label/cuda80 -c conda-forge openmm。

测试是否安装成功

python -m simtk.testInstallation

运行例子测试一下，文件位置/anaconda3/share/openmm/examples：

随便试一下例子simulateAmber.py，检查是否运行成功

openmm官方指导网站：http://docs.openmm.org/latest/userguide/

可能会遇到anaconda报错CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/omnia/linux-64/repodata.json>

可以参考这个博客https://www.cnblogs.com/liangxuran/p/13507487.html

3.配置mpi

https://blog.csdn.net/sinat_36215255/article/details/102622341

https://www.cnblogs.com/goingmyway/p/5296002.html

4.坑

1.每次下载都会修改python版本

因为没有root权限，然后系统的默认python2.7，所以每次下载都是安装python2.7版本并且会更新anaconda并将python版本改成2.7版本。

创建了一个3.6的python环境，并在该环境下安装，缺点就是每次使用都要先激活环境。

conda create --name py36 python=3.6.5
source activate py36

2.CondaHTTPError:

conda安装时会出现CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/repodata.json>Elapsed: -

因为外网太慢了，在~/.condarc.bak中添加以下内容使用清华的镜像，把原来的默认的-default删掉。

  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/noarch
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/linux-64
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/free/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/free/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/linux-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/pro/noarch

 如果找不到.condarc文件，可以参考这篇博客1  https://blog.csdn.net/ljx0951/article/details/104121844

3.查找python包
https://blog.csdn.net/miao0967020148/article/details/85230430