任务管理 linux指令qsub,Linux_前一个投的任务跑完再跑另一个任务_qsub_-hold_jid

Linux_前一个投的任务跑完再跑另一个任务_qsub_-hold_jid

perl program_1.pl input_1.file output_1.file

perl program_2.pl output_1.file output_2.file

像这样的情况，第一个任务的输出是第二个任务的输入，第二个任务必须等第一个任务跑完了再跑。

设想了一个方法：

得到perl program_1.pl的PID，假设是123

num=123

获得当前用户在运行的程序

data=`ps u`

下面是data的内容

1 USER       PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND

2 admin    123  0.0  0.0  68280  1652 pts/37   Ss   11:19   0:00 program_1.pl

3 admin    120  0.0  0.0  65600   944 pts/37   R+   11:26   0:00 ps u

4 admin    121  0.0  0.0  63588   828 pts/37   S+   11:26   0:00 less -SN

通过PID判断program_1.pl是否还在运行

if [[ "$data" =~ "$num" ]]

then

JUDGE="TRUE"

fi

echo ${JUDGE-"FALSE"}

上面这个方法好麻烦，所以用了另一个方法：

qsub -cwd -l vf=1g  run_program_1.sh o>run_program_1.jid

这样就得到了program_1在节点跑的jid

id=`perl -n -e '/(\d+)/ && print $1 ' run_program_1.jid`

qsub -cwd -l vf=1g -hold_jid $id run_program_2.sh o>run_program_2.jid

同理还可以有program_3,4,5,6……