"WebSite"是以文件目录为基本单位管理的，文件夹中的所有文件都是项目的一部分，直接把iis设成开发目录就可以运行，是非常适合web开发的一种模式。它没有项目文件，不需要编译，方便调试。是vs2005新推出的一种模式。
"WebApplication"是以项目为管理基本单位的。是为了组件化开发等准备的，有项目文件，需要编译发布，适合团队开发使用，但是对web的开发模式并不十分适应。主要是为了兼容win的开发方式，是一种遗留模式
一些开发者认为Web Site 项目使用起来更加自然，方便。而另一些开发者则比较喜欢清晰明了的定义项目中的使用到的资源和文件，而不是象Web Site中，只要是在网站根目录下的文件都是网站的资源（尽管Web Site中也有排除文件的功能，但是是通过修改文件的后缀来实现的，和Web Application中记录到项目文件中的做法是不一样的）。