matlab fdt,fsl中fdt操作指导

1. 经过mriconvert转换之后，得到每个被试的4D数据，b值以及向量

2. fslroi data nodif 0 1

%choose a no weighted imaging,named nodif

从4D图像中选出一张需要的图像,0表示选择从第几个volume开始，1表示选择图像的个数

3. bet nodif nodif_brain -m -f 0.2

%generate binary brain mask(-m),fractional intensity threshold is 0.2(-f),result in the file nodif_brain_mask

去除头盖骨

4. eddy_correct data eddy_unwarped 0

%eddy_correct <4dinput><4doutput>[]

Choose interp from {trilinear,spline} def - trilinear

%时间大概是10分钟

5. Dtifit

使用ctrl+alt+t调出终端，输入fsl，选择fdt*下的dtifit，在option中手动加入对应文件，包括data的输入、输出，b值文件，梯度方向(矢量)文件，共4个。运行完成后，就可以得到FA图，MD图等

------------------------------以上为预处理过程，一个人一个人的进行--------------------- --------------------%that processing is going in one subject separately----------------

6. 打开生成的FA文件所在的目录

7. tbss_1_preproc*.nii.gz

将每个人的FA图依次处理为tbss可处理的格式

Ps：可能需要新建两个文件夹(一个为FA，一个为origdata)

8. tbss_2_reg -T

将FA图抽样到1x1x1空间，空间标准化

9. tbss_3_postreg –S

把所有的FA图叠加到一起，生成4D文件mean_FA_skeleton

10. tbss_4_prestats

使骨架上包含所有的点

-------------------------------------以上为TBSS处理过程------------------------------------

11. 格式转换(将nii转换到matlab处理)

V=spm_vol(‘input.nii’)

[Y,XYZ]=spm_read_vols(V)；

12. 数据处理

13. 格式转换(将处理结果转换到nii)

V=spm_vol(‘input.nii’) 输入一个文件作为模板