Seurat 是 Google 在 2017 I/O 大会上发布的 VR 场景简化技术,于 2018 年 5 月正式开源。项目旨在将非常复杂的 3D 场景处理为能够在移动硬件上高效渲染的形式并展现。
Seurat 利用 VR 场景通常是从有限的观看区域进行观看的实际情况出发,对场景中的几何图形和纹理进行优化。它通过将 RGBD 图像(颜色和深度)作为输入,生成纹理网格,针对可配置数量的三角形,纹理大小和填充率,从而简化超出传统方法所能实现的场景。
在示例中,Seurat 将原始场景中约 4660 万个三角形进行优化,最终减少至 307,000 个,将性能提高了 100 多倍,且几乎没有视觉质量损失。这种优化有助于开发人员开发出更优质的 VR 内容。
原始场景:
Seurat 处理后的场景:
Python读取.h5ad文件 import anndata import pandas as pd adata=anndata.read("/home/R/R_data/Seurat/PBMC10/output/adata.h5ad") #adata.X.todense()#将稀疏矩阵转成普通矩阵 #X=pd.DataFrame(adata.X.todense()) #cell_name=ad
小数据集的整合 scRNA-seq整合简介 对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战。特别是,在标准工作流下,识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题。Seurat v4 包括一组方法,以匹配(或"对齐")跨数据集共同的基因。这些方法首先识别处于匹配生物状态的交叉数据集对("锚点"),既可用于纠正数据集之间的技术差异(即批次效应校正),又可用于对整个实验条件进行比较scRNA-seq
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