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如何在Python Matplobliblib中制作全帧彩色贴图的矩阵?

司英飙
2023-03-14

trajectory_contacts1 = ContactFrequency(t1,switch1,switch2)
sparse_cm1 = trajectory_contacts1.residue_contacts.sparse_matrix
cm1 = sparse_cm1.todense()

with open('CM-pE42-Ab1-42.dat','wb') as f1:
    np.savetxt(f1, np.array(cm1), fmt='%.2f1')
    
# Import data from file
CM1 = np.loadtxt(fname = "CM-pE42-Ab1-42_Cluster-1.dat")

# Contact Map Plot for Ab1-42 & pE-Ab3-42

from matplotlib import cm as cmp
cmap = cmp.get_cmap('Spectral_r',50)
plt.matshow(CM1,cmap=cmap,interpolation='None')
ax = plt.gca()
ax.set_xlabel('Residue Number',fontsize=12)
ax.set_ylabel('Residue Number',fontsize=12)
ax.set_aspect('auto')
tick_params(bottom=True, right=True,labelbo[![enter image description here][1]][1]ttom=True, labelright=True)
plt.savefig("CM-pE42-Ab1-42_Cluster-3.png",dpi=300,format="png",bbox_inches='tight')

这里是的dropbox链接。dat文件:-https://www.dropbox.com/s/zqh4w541s6sohmj/CM-pE42-Ab1-42_Cluster-1.dat?dl=0

请帮助我提出建议,以纠正脚本,使2-D情节在全帧。

共有1个答案

华知
2023-03-14

检查数据中的极值或手动设置极限:

plt.xlim(0, 5)
plt.ylim(0, 5)
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