如何将两个RMarkdown（.Rmd）文件合并到一个输出中？

Question

我在同一个文件夹中有两个文件：chapter1。Rmd和第2章。Rmd，包括以下内容：

第一章Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

第2章Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

如何将它们组合成一个pdf输出？

当然，渲染（input=“chapter1.Rmd”，output\u format=“pdf\u document”）可以完美地工作，但渲染（input=“chapter1.Rmd”，input=“chapter2.Rmd”，output\u format=“pdf\u document”）却不能。

我为什么要这样做？将一个巨大的文档分解成逻辑文件。

我使用了@hadley的bookdown包来构建latex。Rmd，但对于这项特定任务来说，这似乎有些过头了。有没有一个使用knitr/pandoc/linux命令行的简单解决方案？谢谢

Answer 1

这对我有用：

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

想象一下有一个更好的解决方案，如果在rmark down或knitr包中有这样的东西会很好。

Answer 2

我建议人们使用bookdown包从多个R Markdown文件创建报告。它添加了许多有用的功能，例如交叉引用，这对于较长的文档非常有用。

改编@Eric中的示例，这里是一个最小的书签设置示例。主要细节是主文件必须称为index. rmd，并且必须包括附加的YAML行site： bookdown::bookdown_site：

指数Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-介绍。Rmd：

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-介绍。Rmd：

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

如果我们编织索引。Rmd bookdown将按字母顺序合并同一目录中的所有文件（可以使用额外的bookdown.yml文件更改此行为）。

一旦您熟悉了这个基本设置，就可以使用附加配置文件（即_bookdown.yml和_output.yml）轻松自定义书签文档和输出格式

进一步阅读

• R减价：最终指南：第11章提供了关于减价的概述

Answer 3

2018年8月更新：这个答案是在bookdown出现之前写的，bookdown是一种更强大的基于Rmarkdown的书籍编写方法。查看@Mikey Harper的答案中的最小bookdown示例！

当我想将一个大型报告分解为单独的Rmd时，我通常会创建一个父Rmd，并将章节作为子级包含在内。这种方法对于新用户来说很容易理解，如果包含目录（toc），那么就很容易在章节之间导航。

报告。Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

第1章Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

第2章Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

构建

rmarkdown::render('report.Rmd')

如果您想要一种快速创建子文档块的方法：

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```