rJava、mac 10.12.6和Javav 9（R版本3.4.1）的问题

Question

我在安装和加载rJava时仍然遇到问题。我有R 3.4.1（“单根蜡烛”）；Java v 9和mac OS 10.12.6。

我遵循了这里列出的所有步骤，其中包括使用终端编辑我的~/。配置文件以包括：

导出JAVA_HOME=$（/usr/libexec/java_home-v 9）

导出路径=$JAVA\U HOME/bin:$PATH

并进行其他更改以将R连接到“正确”的Java。当我运行时

sudo R CMD javareconf

但是，我收到一条错误消息，上面写着：

警告：“JNI\u CreateJavaVM”已弃用[-Wdeprecated声明]JNI\u CreateJavaVM（0，0，0）；^/系统/库/框架/JavaVM。框架/标题/jni。h： 1937:1：注意：“JNI\u CreateJavaVM”已在此处明确标记为已弃用JNI\u CreateJavaVM（JavaVM**pvm，void**penv，void*args）；^生成1条警告。

当我跑的时候

R CMD安装rJava\u 0.9-8。焦油广州

一切都很顺利，直到我发现一个错误，上面写着：

正在检查是否可以编译JNI程序…配置：错误：无法编译简单的JNI程序。请参阅配置。记录详细信息。

确保已安装Java开发工具包并在R中正确注册。如果有疑问，请以root身份重新运行“R CMD javareconf”。

错误：包“rJava”的配置失败

来自上面链接的网站的Michal建议确保'/usr/libexec/java_home-v 9'“指向”JDK而不是JRE。我不确定如何做到这一点。当我尝试类似的东西时：

Echo$JAVA_HOME

我得到：

/Library/Java /JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home

我怎么知道这个是JDK还是JRE？

由于我的错误消息，我认为我有一个JNI问题，但我不知道如何开始处理这个问题。如果您对使用Michal教程可能出现的问题有任何见解，我们将不胜感激！

另外，我最初的问题是在R中，试图加载库（rJava），但出现以下错误：

错误：“rJava”的包或命名空间加载失败：。“rJava”的loadNamespace（）中的onLoad失败，详细信息：调用：dyn。加载（文件，DLLpath=DLLpath，…）错误：无法加载共享对象“/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/Library/rJava/libs/rJava。so“：dlopen（/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/Library/rJava/libs/rJava.so，6）：未加载库：@rpath/libjvm。dylib引用自：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/Library/rJava/libs/rJava。so原因：未找到图像

Answer 1

您可以执行以下操作来测试Java 9是否是JDK。执行以下操作：

> git clone https://github.com/mkowsiak/jnicookbook.git
> cd jnicookbook/recipes/recipeNo001
> export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 9)
> export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
> make
> make test

如果你看到

Hello world!

最后，这意味着您的JDK可以编译JNI代码。现在，如果它能工作，就意味着rJava仍在使用不正确的Java安装（例如，苹果的安装）。在这种情况下，您需要查看rJava的错误日志，以确保其中使用了什么。

我希望这对你至少有一点帮助。

Answer 2

我关注了这个链接，特别是：

管理员帐户用户

在终端发出以下命令：

export JAVA_HOME=${JAVA_HOME:-$(/usr/libexec/java_home)} 
export LIBJVM=$(find "${JAVA_HOME}" -name 'libjvm.dylib')
R CMD javareconf JAVA_LIBS="${LIBJVM}" JAVA_LD_LIBRARY_PATH="${LIBJVM}" JAVA_CPPFLAGS="'-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/darwin -I$(dirname "${LIBJVM}")'"
ln -fs "$LIBJVM" /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

安装成功！