使用setuptools将f2py生成的*.so文件链接到python包中

Question

我希望使用SetupTools将一个包部署到PyPi。但是，包的核心部分实际上是用Fortran编写的，我正在使用f2py用Python包装。基本上，项目的结构如下所示：

null

myfunc.py模块导入hello.so(importmy_project.hello)，然后myfunc.py中的函数可以使用该模块。这在我的机器上很好用。

然后我在我的Ubuntu上尝试了标准的setuptools安装:sudopython3setup.py install，结果安装得很好。但不幸的是，在导入时，它抛出modulenotfounderror：No module name'hello'。

现在，据我所知，在基于Linux的系统上，对于python，共享库*.so存储在/usr/lib/python3/dist-packages/中。所以我在那里手动复制了这个hello.So，我得到了一个工作包！但当然这只在局部起作用。我想做的是告诉setuptools在python-egg中包含hello.so并自动执行复制等操作，这样当用户使用pip3 install my_package时，他们就可以自动访问这个共享库。我可以看到numpy以某种方式实现了这一点，但即使在查看了他们的代码后，我也无法解码他们是如何做到这一点的。有人能帮我一下吗？提前道谢。

Answer 1

这里是一种基于F2PY文档的方法（这里的示例包括构建多个F2PY模块，每个模块包含多个源文件），使用支持Fortran源文件的numpy.distutils。

具有多个F2PY扩展模块的最小示例的结构基于src目录布局。它不是必需的/必需的，但其优点是除非包已经安装成功，否则测试例程无法运行。

my_project
|
+-- src
|   |
|   +-- my_project
|       |
|       +-- __init__.py
|       +-- mod1.py
|       +-- funcs_m.f90
|       +-- two
|           |
|           +-- pluss2.f90
|           +-- times2.f90
|
+-- test_my_project.py
+-- setup.py

• setup.py

from setuptools import find_packages

from numpy.distutils.core import setup, Extension

ext1 = Extension(name='my_project.modf90',
                 sources=['src/my_project/funcs_m.f90'],
                 f2py_options=['--quiet'],
                )

ext2 = Extension(name='my_project.oldf90',
                 sources=['src/my_project/two/plus2.f90', 'src/my_project/two/times2.f90'],
                 f2py_options=['--quiet'],
                )

setup(name="my_project",
      version="0.0.1",
      package_dir={"": "src"},
      packages=find_packages(where="src"),
      ext_modules=[ext1, ext2])

• __init__.py

__init__.py文件为空。（如有需要，可在此处导入F2PY模块）

• mod1.py

def add(a, b):
  """ add inputs a and b, and return """
  return a + b

• 函数_m.f90

module funcs_m
  implicit none
  contains
    subroutine add(a, b, c)
      integer, intent(in)  :: a
      integer, intent(in)  :: b
      integer, intent(out) :: c
      c = a + b
    end subroutine add
end module funcs_m

• plus2.f90

subroutine plus2(x, y)
  integer, intent(in)   :: x
  integer, intent(out)  :: y
  y = x + 2
end subroutine plus2

• 乘以2.f90

subroutine times2(x, y)
  integer, intent(in)   :: x
  integer, intent(out)  :: y
  y = x * 2
end subroutine times2

• test_my_project.py

import my_project.mod1
import my_project.oldf90
import my_project.modf90

print("mod1.add:            1 + 2 = ", my_project.mod1.add(1, 2))
print("modf90.funcs_m.add:  1 + 2 = ", my_project.modf90.funcs_m.add(1, 2))
x = 1
x = my_project.oldf90.plus2(x)
print("oldf90.plus2:        1 + 2 = ", x)
x = my_project.oldf90.times2(x)
print("oldf90.plus2:        3 * 2 = ", x)

现在，可以使用pip安装包。与setup.py install相比，使用pip有几个优点（包括易于升级或卸载）（但仍可用于构建用于分发的包！）。从包含setup.py的目录：

> python -m pip install .

然后，测试刚安装的软件包

> python test_my_project.py
mod1.add:            1 + 2 =  3
modf90.funcs_m.add:  1 + 2 =  3
oldf90.plus2:        1 + 2 =  3
oldf90.plus2:        3 * 2 =  6

此设置已在Windows 10（带有ifort）、Ubuntu 18.04（带有gfortran）和MacOS High Sierra（带有gfortran）上测试成功，所有这些都带有Python 3.6.3。