在R中导入带有网状结构的matplotlib

Question

我刚开始在R中使用网状包，我仍然在解决一些问题。特别是，导入matplotlib的过程并不顺利。我尝试了两种不同的方法，每种方法都有不同的错误消息。

首先，在RStudio的交互式shell中使用repl_python：

library(reticulate)
use_python('/home/craig/anaconda3/bin/python')
py_discover_config()
repl_python()
import matplotlib.pyplot as plt

打开的REPL-Python shell似乎拥有正确的版本和所有内容，但当我尝试导入matplotlib时。pyplot，我看到了以下内容：

/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1：找不到版本ZLIB_1.2.9（需要/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-package/matplotlib/... /.. /. /./libpng16.so.16）

安装zlib（使用sudo apt get install lib64z1 dev lib64z1）似乎没有改变任何事情。FWIW，import matplotlib工作得很好，只要我不需要pyplot。

我还尝试在R降价文档中执行相同的操作：

```{r}
library(reticulate)
py_discover_config()
```

```{python}
import matplotlib.pyplot as plt
```

这次我看到：

错误在py_get_attr_impl（x，名称，静默）：属性错误：模块'matplotlib'没有属性'pyplotlib'调用：...$.python.builtin.object-

有什么想法吗？

谢谢！

更新：正如我在评论中提到的，安装开发人员版本的Networkite修复了一些问题，但不是全部。如果我尝试运行此Rmd：

```{r}
library(reticulate)
use_python('/home/craig/anaconda3/bin/python')
```

```{python}
import matplotlib.pyplot as plt
```

我收到以下错误消息：

Error in py_run_string_impl(code, local, convert) : 
  ImportError: /home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/PyQt5/../../../libxcb-dri3.so.0: undefined symbol: xcb_send_request_with_fds

Detailed traceback: 
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/pyplot.py", line 116, in <module>
    _backend_mod, new_figure_manager, draw_if_interactive, _show = pylab_setup()
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/__init__.py", line 60, in pylab_setup
[backend_name], 0)
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_qt5agg.py", line 16, in <module>
    from .backend_qt5 import (
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/backend_qt5.py", line 18, in <module>
    import matplotlib.backends.qt_editor.figureoptions as figureoptions
  File "/home/craig/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/backends/qt_editor/figureoptions.py", line 20, in <module>
Calls: <Anonymous> ... force -> py_run_string -> py_run_string_impl -> .Call
Execution halted

当我试着用谷歌搜索错误文本时，xcb出现了一个类似的错误，就我所知，这似乎是在一个不太相关的上下文中出现的。




Answer 1

我在reticulate中发现了相同的错误，它不是从anaconda库中读取zlib，而是从/lib/x86\u 64-linux-gnu/中读取zlib。

每次使用脚本时，我都会从终端运行以下行，而不是符号链接：

export LD_LIBRARY_PATH=/home/craig/anaconda3/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

实际上，您可以从R脚本内部运行它，给出：

system('export LD_LIBRARY_PATH=/home/craig/anaconda3/lib/:$LD_LIBRARY_PATH')

Answer 2

通过sym将conda lib文件链接到/lib/x86\u 64-linux-gnu/，我可以让它与我的conda安装一起工作。

ln-s-f /opt/miniconda/lib/libz.so.1 /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1

我注意到，如果我使用相同的导入单独运行python，它会运行得很好。看来，Networkite并没有将conda lib“视为”libz的源代码，而是查看了/lib/x86_64-linux-gnu/目录。

Python:3.6康达：4.5.1操作系统：Ubuntu 14.04.1 LTS

Answer 3

通过将R标记代码块更改为：

```{r}
library(reticulate)
use_python('/usr/bin/python3')
```

```{python}
import matplotlib.pyplot as plt
```

我仍然不太明白为什么，但看起来网状结构对水蟒的安装效果不太好。也许这与anaconda被设置为与互动Jupyter笔记本配合良好有关。