docker：在未更改CMD的情况下，在$PATH解决方案中未找到可执行文件

Question

我正在试着运行bwa的官方dockerhttps://hub.docker.com/r/biocontainers/bwa/，我不断收到一个错误：

sudo docker run -u="root" -v ~/files/:/opt/inputs/ biocontainers/bwa "index /opt/inputs/hg19.fa"
docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:348: starting container process caused "exec: \"index /opt/inputs/hg19.fa\": stat index /opt/inputs/hg19.fa: no such file or directory": unknown.
ERRO[0000] error waiting for container: context canceled 

编辑：从lst字符串中删除双引号会产生不同的错误：

sudo docker run -u="root" -v ~/files/:/opt/inputs/ biocontainers/bwa index /opt/inputs/hg19.fa
docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:348: starting container process caused "exec: \"index\": executable file not found in $PATH": unknown.

我在这里找到了背后的原因：

docker：在$PATH中未找到可执行文件

这是正确的原因，但由于此文件是预构建的，并且我想使用正式版本，因此我无法在Dockerfile中更改CMD synthax。我如何在不改变容器本身的情况下实现这一点？

Answer 1

由于该文件是预构建的，并且我想使用正式版本，因此我无法在Dockerfile中更改CMD synthax

实际上，您确实在run命令中更改了CMD的设置。图像名称之后的所有内容都会覆盖图像附带的默认CMD值：

sudo docker run -u="root" -v ~/files/:/opt/inputs/ biocontainers/bwa "index /opt/inputs/hg19.fa"
docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_linux.go:348: starting container process caused "exec: \"index /opt/inputs/hg19.fa\": stat index /opt/inputs/hg19.fa: no such file or directory": unknown.
ERRO[0000] error waiting for container: context canceled 

在这种情况下，您已经用“index/opt/inputs/hg19.fa”替换了Dockerfile中附带的CMD的bwa值。注意，引号和空格包含在您尝试运行的可执行文件中。它并不是试图用一个参数来运行索引。正如您所料。这就是您看到错误消息的原因：

"exec: \"index /opt/inputs/hg19.fa\": stat index /opt/inputs/hg19.fa: no such file or directory"

要运行命令index，请删除引号：

sudo docker run -u="root" -v ~/files/:/opt/inputs/ biocontainers/bwa index /opt/inputs/hg19.fa