在OSX 10.9 mavericks下为RStudio（和其他GUI应用程序）声明路径

Question

ex1

system("echo $PATH", intern=FALSE)
# this returns a very short PATH without any of my privately declared ones

ex2

system("bowtie --help", intern=TRUE)
# does not find bowtie while it is there all right and the same call works under R cli

这似乎是因为RStudio作为一个GUI应用程序，没有继承我的. profile/. bashrc中定义的完整PATH

我找到了许多与旧mac系统相关的帖子，并为特立独行者组装了一个解决方案。我尝试了在OS X中设置环境变量的修复？但在特立独行者下没有成功。

launchctl setenv PATH $PATH

Answer 1

< li >声明一个自定义函数，以便能够在每次路径改变时更新它 < li >将该函数存储在脚本中，以便能够以root用户身份运行它 < li >使用此功能创建OSX GUI应用程序(包括RStudio)将继承的完全等同于我的路径的路径

该函数在'. my函数'中声明，放置在我的$HOME中并来源于我的.配置文件

现在是脚本：

!/bin/bash

function setGUIpath () {
# create a custom path file in /etc/paths.d
# store the full PATH in that file for GUI apps
# created for the need to know PATH in RStudio system() calls

# mypath should exist and be writable (or sudo)
mypath=/etc/paths.d/mypath

# clear existing
cat /dev/null > ${mypath}

# fill with unique PATH items
# remove added 'PATH=' strings (what is doing this?)
echo $PATH | sed -e 's/PATH=//' | awk -F: '{for (i=1;i<=NF;i++) { if ( !x[$i]++ ) printf("%s\n",$i); }}' | sed -e 's/PATH=//' > ${mypath}

# restart Dock
osascript -e 'tell app "Dock" to quit'
}

# export it (optional?)
export -f setGUIpath

# run it
setGUIpath

如果这给我的操作系统带来任何风险，欢迎任何评论或改进。