问题：

当我遍历列表时，无法遍历列表

曹驰

2023-03-14

输入是一个列表列表。请看下面。文件名是一个列表，包含的名称与列表中的列表数量相同（name1，name2，name3）
每个名称都附加到路径中：path/name1-path/name2-path/name3

程序在遍历列表时遍历包含路径的列表，并打印路径及其文件名。我希望输出是path/name1-path/name2-path/name3。然而，我得到了下面的输出。请查看输入后的输出

输入

[[1]]
[1] "150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"   "160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
[3] "JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"       "JF_160426_Dep2Plas_tryp_Gpep_SIDtarg-(06)_PSMs.txt"       

[[2]]
[1] "150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"   "160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
[3] "JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"      

[[3]]
[1] "150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"   
"160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"

输出

我希望输出是path/nam1-path/name2-path/name3

[1] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/name1.tsv", 
[1] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/name2.tsv", 
[1] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/name3.tsv".

然而，我得到的结果如下：

[1] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/name1.tsv"

我无法理解为什么在遍历列表时不能使用文件名遍历路径列表。我希望这有助于澄清问题。有人能帮忙吗？

我已经用打印分析了每一条语句，除了下面代码的输出之外，每件事都运行良好

for (i in 1:length(lc)) { 

    for (j in 1:length(lc[[i]])) { # fetch and read files
        if (j==1) {
            newFile <- paste(dataFnsDir, lc[[i]][j], sep="/")
            newFile <- tryCatch(read.delim(newFile, header = TRUE, sep = '/'), error=function(e) NULL)
            newFile<- tryCatch(newFile, error=function(e) data.frame())
            print(tmpFn[i])
        } else {
            newFile <- paste(dataFnsDir, lc[[i]][j], sep="/")
            newFile <- tryCatch(read.delim(newFilei, header = TRUE, sep = '/'), error=function(e) NULL)
            newFile <- tryCatch(newFile, error=function(e) data.frame())
            newFile <- dplyr::bind_rows(newFile, newFile)
            print(tmpFn[i])
        }     
    }
}

共有2个答案

翟淮晨

2023-03-14

如果我理解正确，OP希望从每个列表元素中作为字符向量给出的文件名中创建3个新文件。

OP代码的主要问题是newFile在嵌套循环的每次迭代中都被覆盖。

以下是我对首选工具（未经测试）的看法：

library(data.table)   # for fread() and rbindlist()
library(magrittr)   # use piping for clarity
lapply(
  lc, 
  function(x) {
    filenames <- file.path(dataFnsDir, x)
    lapply(filenames, fread) %>% 
      rbindlist()
  }
)

这将返回三个数据帧（data.tables）的列表。

我没有OP的输入文件，但我们可以模拟效果进行演示。如果我们删除对lappy（）的第二个调用，我们将得到一个包含3个元素的列表，每个元素都包含一个文件名的字符向量，路径前面有前缀。

lapply(
  lc, 
  function(x) {
    filenames <- file.path(dataFnsDir, x)
    print(filenames)
  }
)

[[1]]
[1] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"

[2] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
[3] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"

[4] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/JF_160426_Dep2Plas_tryp_Gpep_SIDtarg-(06)_PSMs.txt"


[[2]]
[1] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"

[2] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
[3] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"


[[3]]
[1] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"

[2] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"

dataFnsDir <-"/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA"
lc <- list(
  c("150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt",
    "160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt",
    "JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt",
    "JF_160426_Dep2Plas_tryp_Gpep_SIDtarg-(06)_PSMs.txt"
  ),
  c(
    "150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"  ,
    "160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt",
    "JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"
  ),
  c(
    "150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt",
    "160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
  )
)

令狐增

2023-03-14

不需要使用嵌套循环。试试这个：

# sample data
dataFnsDir <- "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/"
lc <- list()
lc[[1]] <- c("150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt","160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
, "JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"       ,"JF_160426_Dep2Plas_tryp_Gpep_SIDtarg-(06)_PSMs.txt"  
)
lc[[2]] <- c(
"150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"  , "160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt",
"JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"    
)
lc[[3]] <- c(
  "150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt",
"160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
)

# actual code
lc.path.v <- paste0(dataFnsDir,unlist(lc))
# maybe this is what you want?

lc.path.v
#> [1] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"  
#> [2] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
#> [3] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"      
#> [4] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/JF_160426_Dep2Plas_tryp_Gpep_SIDtarg-(06)_PSMs.txt"       
#> [5] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"  
#> [6] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"
#> [7] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/JF_160426_Dep2Plas_ctryp_Gpep_SIDtargFULL__PSMs.txt"      
#> [8] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/150413_JF_GPeps_SIDtarg_GPstdMix_Tryp_2runs_v3_PSMs.txt"  
#> [9] "/home/giuseppa/Development/glycoPipeApp/OUT/openMS/INPUT_DATA/160824_JF_udep_tryp_Hi_SIDdda_FULL_NewParse-(05)_PSMs.txt"

如果您想阅读所有这些数据并将它们组合在一起，请尝试以下方法（这可能不起作用，因为我不知道这些数据是什么样子的）：

lc.alldf <- lapply(lc.path, read.delim, header = TRUE, sep = "/")
lc.onedf <- dplyr::bind_rows(lc.alldf)

编辑：代码改进，谢谢@奥尼安布

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