集成pyenv virtualenv conda和ASE的最佳实践

Question

我使用的是带有Linux的桌面（特别是Pop_OS！20.04，类似于ubuntu）。

我需要运行ASE，它是用于原子模拟的python包。这可以通过多种方式安装（apt、pip、conda）。为了达到我的目的，我需要用conda安装它（尽可能与社区保持一致）。由于我不喜欢conda在bash中的集成方式，我决定使用pyenv作为虚拟环境管理器。

因此，对于另一个stackoverflow问题，最好不要通过pyenv安装conda。因此，在我简单的头脑中，我首先尝试了这个（案例A）：

1. 我用pyenv创建了一个虚拟环境；
2. 我使用正确的脚本安装conda，现在使用pyenv
3. 在环境中并使用conda安装ASE

$ pyenv virtualenv 3.9.0 caseA
(caseA) $ which python  
/home/fex/.pyenv/shims/python
(caseA) $ python -V
Python 3.9.0
(caseA) $ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
# I did not include anaconda in the bashrc
# To activate conda eval "$(/home/user/anaconda3/bin/conda shell.YOUR_SHELL_NAME hook)" or "source <path to conda>/bin/activate"
# conda init
(baseA) $ source /home/fex/anaconda3/bin/activate
(base) (caseA) $

这种双重环境挺有意思的，我觉得应该不会发生。然而，我无法将ASE与康达一起安装。所以我给了< code>conda init:

(base)(caseA) $ conda init
(base)(caseA) $ source ~/.bashrc
(base) $ conda install -c conda-forge/label/cf202003 ase
(base) $ ase test
...
fio/oi.py: TypeError: Object does not appear to be a file-like object
========== Summary ==========
Number of tests   363
Passes:           260
Failures:           0
Errors:             1
Skipped:          102
=============================
Test suite failed!
Time elapsed: 42.3 s

据我所知，这种方法是有效的，但是绕过pyenv，我最终只是使用了一个conda环境，这不是我首先想要的。

案例B:这并不重要。创建环境后，我尝试用pyenv安装conda，但是我无法在pyenv环境中使用它。

案例C：我通过以下方式解决问题：

1. 用pyenv安装了conda
2. 创建一个依赖conda而不是特定版本的python的pyenv虚拟环境

$ pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv

另一个原因是，因为我在这里写道，ASE是一个非常受欢迎的标准，在DFT(密度泛函理论)领域，这是一个在化学/物理领域引用最多的话题。然而，手册和指南的编写跟不上python的快节奏。

额外信息

$ pyenv versions
  system
  2.7.18
* 3.9.0 (set by PYENV_VERSION environment variable)
  3.9.0/envs/caseA
  3.9.0/envs/caseB
  3.9.0/envs/coppie
  3.9.0/envs/foo
  caseA
  caseB
  ccase
  coppie
  foo
  miniconda3-latest
  miniconda3-latest/envs/ccase # I created this with pyenv virtualenv miniconda3-latest ccase ccase stands for case C
$ pyenv -v
pyenv 1.2.21
$ which python
/home/fex/.pyenv/shims/python
$ python -V
Python 3.9.0
 pyenv activate ccase
pyenv-virtualenv: prompt changing will be removed from future release. configure `export PYENV_VIRTUALENV_DISABLE_PROMPT=1' to simulate the behavior.
(ccase) $ pip install pytest
(ccase) $ ase test
[...]
====================================================================== 1290 passed, 233 skipped, 1 xfailed, 5 warnings in 193.06s (0:03:13)

Answer 1

在这个阶段，我设法使用conda安装ASE。我是在pyenv环境中完成的，该环境直接调用minicon da而不是python。

$ pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv
$ pyenv activate fooend
 (fooenv) $ conda install -c conda-forge/label/cf202003 ase # This installs ASE 
 (fooenv) $ pip install pytest # In this version of ase `ase test` does not work
 (fooenv) $ ase test # This test is longer and more complete that the once achieve with conda without pyenv