使用多个Python和IPython路径运行Jupyter

Question

我想使用Jupyter笔记本，但在进行基本导入（如导入matplotlib）时遇到困难。我想这是因为我有几个用户管理的python安装。例如：

> which -a python
/usr/bin/python
/usr/local/bin/python

> which -a ipython
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/ipython
/usr/local/bin/ipython

> which -a jupyter
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/jupyter
/usr/local/bin/jupyter

我以前有anaconda，但是从~/anaconda目录中删除了if。现在，当我启动Jupyter笔记本时，我得到一个内核错误：

File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/pytho‌n3.5/subprocess.py",
line 947, in init restore_signals, start_new_session)
File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/pytho‌n3.5/subprocess.py",
line 1551, in _execute_child raise child_exception_type(errno_num, err_msg)
FileNotFoundError: [Errno 2]
No such file or directory: '/Users/npr1/anaconda/envs/py27/bin/python' 

我该怎么办？！

Answer 1

还发现没有将虚拟环境放在git repo中，因为读取python包变得不可读。读写时使用的权限似乎不同（写-安装包-使用pip），如何无法读取。因此，对我来说，python库是从系统安装中读取的，而不是从虚拟环境中读取的。

Answer 2

@jakevdp解释得很好。

当我更新ubuntu时，我也遇到了同样的问题，我通过更改内核配置文件（kernel.json）解决了这个问题。列出内核文件的位置。使用

jupyter kernelspec list

它会回来的

Available kernels:
  python3    /home/user1/.local/share/jupyter/kernels/python3
  python2    /usr/local/share/jupyter/kernels/python2

我使用的是python3，所以我在

/home/user1/.local/share/jupyter/kernels/python3

通过以下步骤

nano /home/user1/.local/share/jupyter/kernels/python3/kernel.json

我改变了第一个参数（即python3目录路径）的形式

"/usr/bin/python3.5"

到

"/usr/bin/python3"

并将其与ctr x一起保存，然后重新启动jupyter笔记本。

Answer 3

这是相当简单的修复，但它涉及到理解三个不同的概念：

1. Unix/Linux/OSX如何使用$PATH查找可执行文件（%PATH%在Windows中）
2. Python如何安装和查找包
3. Jupyter如何知道使用什么Python

为了完整起见，我将尝试对每一个问题进行快速的ELI5，这样您将知道如何以最佳方式解决这个问题。

当您在提示符处键入任何命令（例如，python）时，系统会有一个定义良好的位置序列来查找可执行文件。该序列在名为PATH的系统变量中定义，用户可以指定该变量。要查看您的路径，您可以键入echo$PATH。

结果是计算机上的目录列表，将对其进行搜索以查找所需的可执行文件。根据上面的输出，我假设它包含以下内容：

$ echo $PATH
/usr/bin/:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/:/usr/local/bin/

在windows中echo%path%

可能还穿插着其他一些路径。这意味着当您键入python时，系统将转到/usr/bin/python。在本例中，当您键入ipython时，系统将转到/Library/Frameworks/Python。framework/Versions/3.5/bin/ipython，因为/usr/bin/中没有ipython。

了解您正在使用的可执行文件总是很重要的，特别是当您的系统上安装了这么多相同的程序时。改变路径并不太复杂；例如，请参见如何在Linux上永久设置$PATH？。

Windows-如何在Windows 10中设置环境变量

当您运行python并执行类似于导入matplotlib的操作时，python必须玩类似的游戏才能找到您想要的软件包。与unix中的$PATH类似，Python具有sys。指定以下各项的路径：

$ python
>>> import sys
>>> sys.path
['',
 '/Users/jakevdp/anaconda/lib/python3.5', 
 '/Users/jakevdp/anaconda/lib/python3.5/site-packages',
 ...]

一些重要的事情：默认情况下，sys中的第一个条目。path是当前目录。此外，除非您修改此路径（除非您确切知道自己在做什么，否则不应该这样做），否则您通常会在路径中找到名为站点包的内容：这是使用Python安装程序安装包时Python放置包的默认位置。py安装，或pip，或conda，或类似方式。

需要注意的重要一点是，每个python安装都有自己的site包，其中包是为特定的Python版本安装的。换句话说，如果你安装了一些东西，例如/usr/bin/python，那么~/anaconda/bin/python不能使用那个包，因为它安装在不同的Python上！这就是为什么在我们的twitter交换中，我建议你专注于一个Python安装，并修复你的$PATH，以便你只使用你想使用的那个。

还有另一个组件：一些Python包与独立脚本捆绑在一起，您可以从命令行运行这些脚本（例如pip，ipython，jupyter，Pep8等）。默认情况下，这些可执行文件将被放在与用于安装它们的Python相同的目录路径中，并且被设计为仅适用于该Python安装。

这意味着，在设置系统时，当您运行python时，您会得到/usr/bin/python，但当您运行ipython时，您会得到/Library/Frameworks/python>。framework/Versions/3.5/bin/ipython，它与位于/Library/Frameworks/Python的Python版本相关联。framework/Versions/3.5/bin/python！此外，这意味着运行python时可以导入的包与运行ipython或Jupyter笔记本时可以导入的包完全不同：您使用的是两个完全独立的python安装。

那么如何解决这个问题呢？首先，请确保您的$PATH变量正在执行您希望它执行的操作。您可能有一个名为~/的启动脚本。bash_配置文件或~/。bashrc设置此$PATH变量。在Windows上，可以修改用户特定的环境变量。如果希望系统以不同的顺序搜索内容，则可以手动修改。当您第一次安装anaconda/miniconda时，将有一个自动执行此操作的选项（将Python添加到路径中）：对该选项说“是”，然后Python将始终指向~/anaconda/Python，这可能就是您想要的。

我们还没有完全摆脱困境。您提到在Jupyter笔记本中，您得到了一个内核错误：这表明Jupyter正在寻找一个不存在的Python版本。

Jupyter被设置为能够为代码使用广泛的“内核”或执行引擎。这些可以是Python2、Python3、R、Julia、Ruby。。。有几十种可能的内核可供使用。但是为了实现这一点，Jupyter需要知道在哪里查找相关的可执行文件：也就是说，它需要知道python位于哪个路径。

这些路径在jupyter的kernelspec中指定，用户可以根据自己的意愿调整它们。例如，以下是我在系统上拥有的内核列表：

$ jupyter kernelspec list
Available kernels:
  python2.7        /Users/jakevdp/.ipython/kernels/python2.7
  python3.3        /Users/jakevdp/.ipython/kernels/python3.3
  python3.4        /Users/jakevdp/.ipython/kernels/python3.4
  python3.5        /Users/jakevdp/.ipython/kernels/python3.5
  python2          /Users/jakevdp/Library/Jupyter/kernels/python2
  python3          /Users/jakevdp/Library/Jupyter/kernels/python3

每个目录都包含一些元数据，指定内核名称、可执行文件路径和其他相关信息。
您可以手动调整内核，编辑上面列出的目录中的元数据。

安装内核的命令可能会因内核而异。IPython依赖于ipykernel包，该包包含安装python内核的命令：例如

$  python -m ipykernel install

它将创建一个与用于运行此命令的Python可执行文件相关联的内核规范。然后，您可以在Jupyter笔记本中选择此内核来使用该Python运行您的代码。

您可以使用help命令查看ipykernel提供的其他选项：

$ python -m ipykernel install --help
usage: ipython-kernel-install [-h] [--user] [--name NAME]
                              [--display-name DISPLAY_NAME] [--prefix PREFIX]
                              [--sys-prefix]

Install the IPython kernel spec.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --user                Install for the current user instead of system-wide
  --name NAME           Specify a name for the kernelspec. This is needed to
                        have multiple IPython kernels at the same time.
  --display-name DISPLAY_NAME
                        Specify the display name for the kernelspec. This is
                        helpful when you have multiple IPython kernels.
  --prefix PREFIX       Specify an install prefix for the kernelspec. This is
                        needed to install into a non-default location, such as
                        a conda/virtual-env.
  --sys-prefix          Install to Python's sys.prefix. Shorthand for
                        --prefix='/Users/bussonniermatthias/anaconda'. For use
                        in conda/virtual-envs.

注意：最新版本的anaconda附带了笔记本电脑的扩展，如果安装了ipykernel软件包，该扩展将自动检测您的各种conda环境。

所以在这样的背景下，你的问题很容易解决：

>

设置您的PATH，以便所需的Python版本是第一个。例如，您可以运行导出PATH="/path/to/python/bin：$PATH"来指定（一次）要使用的Python。要永久执行此操作，请将该行添加到您的中。bash_profile/. bashrc（请注意，anaconda可以在您安装时自动执行此操作）。我建议使用anaconda或minicon da附带的Python：这将允许您安装所需的所有工具。

确保为该python安装了要使用的包。如果您使用的是conda，您可以键入，例如conda安装jupyter matplotlib Scikit-学习来安装anaconda/bin/python的这些包。

确保Jupyter内核指向要使用的Python版本。当您conda安装jupyter时，它应该自动为anaconda/bin/python设置此选项。否则，您可以使用jupyter kernelspec命令或python-m ipykernel install命令调整现有内核或安装新内核。

要将模块安装到其他不是由Anaconda管理的Python Jupyter内核中，需要将路径复制到内核的Python可执行文件，然后运行/path/to/Python-m pip install

希望这是清楚的。。。祝你好运