在R3.6上安装rJava for ubuntu bionic beaver时出现“无法运行简单JNI程序”错误消息

Question

我有一个很常见的问题，rJava不能正确地安装在Ubuntu上。这个问题已经在这里，这里，这里，举几个例子。

configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.
Warning in system(cmd) : error in running command
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/jonno/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rJava’

输入echo$java_home返回

/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64

我的etc/环境如下所示

PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/$
MKL_THREADING_LAYER=GNU
JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64"

Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/java
Java version     : 11.0.4
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java compiler    : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include -I/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/include/linux    -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-uuRxut/r-base-3.6.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory

Answer 1

我已经研究了最初的海报（我们在同一个地方工作），问题是在OpenJDK11中，他们移动了一些JVM所在的.so文件，特别是libjvm.so，这些文件在Ubuntu包中现在位于/usr/lib/JVM/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/中。

这意味着，即使您使用apt install r-cran-rjava安装了用于rJava的Ubuntu包，当您尝试Library(rJava)时，它也会失败。

解决方案是将/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server/添加到$ld_library_path中，方法是添加：

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server:$LD_LIBRARY_PATH

在~/.bashrc结束并启动一个新的shell（或source~/.bashrc)。

这是我们必须为OpenJDK的中央安装修复的问题，例如:https://github.com/ucl-rits/rcps-buildscripts/blob/master/adoptopenjdk-11.0.3_install.sh#l46

如果您希望在从Gnome启动的Rstudio中使用该目录，则需要将该目录添加到ldconfig。

/usr/lib/jvm/java-1.11.0-openjdk-amd64/lib/server

然后作为根运行

ldconfig -v

这应该将目录添加到通过GNOME搜索启动的可执行文件的位置。这个问题的特殊部分（GNOME忽略bashrc中的设置）在Ubuntu中至少从9.04开始就存在问题(https://bugs.launchpad.net/Ubuntu/+source/xorg/+bug/366728/)。