将具有多个函数的python脚本转换为SnakeMake工作流

Question

我有一个输入文件，每行对应一个序列，我需要对每个序列进行多次检查（已经使用python脚本和多个函数进行了检查）。其中一些检查（函数）彼此不依赖，可以同时运行。所以我想用蛇毒。

问题是，大多数示例使用这么多输入文件，我只有一个文件，但需要在文件的每一行上运行不同的shell。有人提出什么想法/例子吗？

我的第二个问题是，我的python脚本中的一些函数不打印文件，而是返回一些东西。虽然我见过大多数蛇一样的例子都有一个输出（这是一个文件）。如何处理Snakemake工作流中的这些功能？我的意思是如何在不同的函数/规则/...等等之间传递参数？我希望我问的很清楚。谢啦

我在网上浏览了教程和一些例子

我的python脚本看起来像：

def功能1（arg1、arg2）：。。。返回列表

def功能2（arg1、arg2）：。。。。[写一个文件]

def功能3（arg1、arg2）：。。。打印（‘废话’）

def main（）：函数1（A， B）函数2（A， B）函数3（A， B）

如果name==main:main（）

我没有错误消息。但我不知道如何将我的脚本和这么多函数转换为Snakemake工作流。

Answer 1

您可以为您的函数定义单独的snakemake规则，前提是您提供了一个创建文件的系统（可以简单地将函数的结果打印到文件中）。实际上，snakemake根据它必须生成的文件来决定运行哪个规则。

这样，相互不依赖的规则将能够并行运行。

from contextlib import redirect_stdout

def function1(arg1, arg2):
    # ...

def function2(arg1, arg2):
    # ...

def function3(arg1, arg2):
    # ...

A = ...
B = ...

rule all:
    input:
        "function1_result.txt",
        "function2_result.txt"
        "function3_result.txt"

rule run_function1:
    output:
        "function1_result.txt",
    run:
        l = function1(A, B)
        with open(input[0]) as fh:
            print(*l, sep="\n", file=fh)

rule run_function2:
    output:
        "function2_result.txt",
    run:
        # Assuming this writes "function2_result.txt":
        function2(A, B)

rule run_function3:
    output:
        "function3_result.txt",
    run:
        with open(input[0]) as fh:
            # see https://stackoverflow.com/a/55833804/1878788
            with redirect_stdout(fh):
                function3(A, B)

请注意，这不会并行处理输入文件的行。