从 4D NetCDF 文件中提取海底数据

Question

我有海洋pH、o2等的全球4D NetCDF文件。每个文件有1个变量和4个维度（时间、经度、纬度和深度）。我希望从不包含NA的每个单元格的最底部深度提取数据。我尝试使用带有负超实验室的NCO的nks：

ncks -d depth,-1 in.nc out.nc

但是，这只为我提供了最深的箱（即-5700米深度箱）的数据，输出了海洋中所有较浅区域的NaN。有没有办法以类似的方式提取数据，但指定我想要每个单元格最深的非 NaN 值？

我能够使用 R、CDO 或 NCO。提前感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

如果你能够运行一个简单的Python脚本，你可以使用nctoolkit（https://nctoolkit.readthedocs.io/en/latest/installing.html）来做到这一点，它使用CDO作为后端。对于一个文件，您将执行以下操作：

import nctoolkit as nc
data = nc.open_data("infile.nc")
bottom = nc.open_data("infile.nc")
bottom.bottom_mask()
data.multiply(bottom)
data.vertical_sum()
data.to_nc("outfile.nc")