用python中的igraph创建无向加权图

Question

我有一个文本文件中的数据，我想创建一个无向加权图，因为我从文件中读取它。数据由tweet组成。对于tweet中的每个单词，我在图中创建一个节点。对于其他单词，我在它们之间创建一条边，并为它们的权重增加1。因此边缘的权重应该是所有tweet中出现的两个单词的数量。

我创建一个图表：

graph=igraph.Graph();

我使用两个节点的ID获取它们之间的边：

edge=graph.es.select(_source=id1,_target=id2);

但是，即使图形是无向的，也无法找到从id2到id1的边。因此，我使用了以下方法：

edge1=graph.es.select(_source=id1,_target=id2);
edge2=graph.es.select(_source=id2,_target=id1);

if (len(edge1)>len(edge2)):
   edge=edge1;
else:
   edge=edge2;

我的第一个问题：有没有更好的方法来做到这一点？

然而，我的主要问题是更新权重。使用上述代码找到边缘后，我尝试使用以下代码更新其重量：

if (len(edge)==0):
   graph.add_edge(id1,id2);
   edge=graph.es.select(_source=id1,_target=id2);
   edge["weight"]=1;
#else add weight
else:
    print edge.attributes();
    print edge["weight"];
    edge["weight"][0]=edge["weight"][0]+1;

但是，我得到以下错误：

 ...
 ['weight']
 [None]
 Traceback (most recent call last):
   File "/home/ivan/workspace/Twitter/process/MovieGraph.py", line 145, in <module>
     processTweet(g,words);
   File "/home/ivan/workspace/Twitter/process/MovieGraph.py", line 87, in processTweet
     edge["weight"][0]=edge["weight"][0]+1;
 TypeError: unsupported operand type(s) for +: 'NoneType' and 'int'

我尝试调试，但看起来边缘存在，但权重没有定义。怎么可能呢？谢谢你。

Answer 1

关于查找顶点之间的边id1和id2：使用get_eid可能更快，因为它完全是用C实现的。您可以执行以下操作：

eid = graph.get_eid(source, target)
edge = graph.es[eid]

（需要第二行，因为get_eid只返回边的ID，而不是边本身）。get_eid也正确处理无向图；换句话说，它总是在两个方向上寻找无向图。

但是，请注意，如果要查找的边不存在，则get_eid会引发异常，因此还应捕获异常并添加边：

try:
    eid = graph.get_eid(source, target)
except igraph.InternalError:
    eid = graph.ecount()
    graph.add_edge(source, target, weight=0)

除了分支利用了这样一个事实，即新添加的边的ID总是等于添加前图中的边的数量，因为边总是从零开始连续编号。请注意，对add_edge的调用也将权重属性的值设置为零，因此您可以简单地在try.之后增加权重。

edge["weight"] += 1