Python：如何在PyTables中存储一个Numpy多维数组？

Question

如何使用PyTables将numpy多维数组放入HDF5文件中？

据我所知，我不能将数组字段放在pytables表中。

我还需要存储有关此数组的一些信息，并能够对其进行数学计算。

有什么建议？

Answer 1

可能有一种更简单的方法，但是据我所知，这就是您要做的事情：

import numpy as np
import tables

# Generate some data
x = np.random.random((100,100,100))

# Store "x" in a chunked array...
f = tables.open_file('test.hdf', 'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype)
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape)
ds[:] = x
f.close()

如果要指定要使用的压缩，请查看tables.Filters。例如

import numpy as np
import tables

# Generate some data
x = np.random.random((100,100,100))

# Store "x" in a chunked array with level 5 BLOSC compression...
f = tables.open_file('test.hdf', 'w')
atom = tables.Atom.from_dtype(x.dtype)
filters = tables.Filters(complib='blosc', complevel=5)
ds = f.createCArray(f.root, 'somename', atom, x.shape, filters=filters)
ds[:] = x
f.close()

可能有很多更简单的方法……pytables很长一段时间以来，我除了表型数据外没有用过其他任何东西。

注意： 在pytables
3.0中，f.createCArray已重命名为f.create_carray。它也可以直接接受数组，而无需指定atom，

f.create_carray('/', 'somename', obj=x, filters=filters)