使用rpy2从python调用R脚本

Question

我对rpy2和R都是新手。

我基本上有一个R脚本script.R，其中包含函数，如rfunc（folder）。它与我的python脚本位于同一目录中。我想从Python调用它，然后启动其功能之一。我不需要此R函数的任何输出。我知道它必须非常基础，但是我找不到R脚本调用python代码的示例。我目前在Python中做什么：

import rpy2.robjects as robjects

def pyFunction(folder):
    #do python stuff 
    r=robjects.r
    r[r.source("script.R")]
    r["rfunc(folder)"]
    #do python stuff

pyFunction(folder)

我在源代码行中遇到错误：

r[r.source("script.R")] File "/usr/lib/python2.7/dist- packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 226, in __getitem__ res = _globalenv.get(item) TypeError: argument 1 must be string, not ListVector

我完全不明白我给它的参数不是字符串，而且我猜在下一行会发生相同的问题， 文件夹 是python字符串，而不是R东西。

那么，如何正确调用脚本？

Answer 1

source是一个r运行r源文件的函数。因此，在中rpy2，我们有两种调用方法：

import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
r['source']('script.R')

要么

import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
r.source('script.R')

r[r.source("script.R")] 是错误的方法。

同样的想法可能适用于下一行。