旧版本Ubuntu安装magick出现undefined symbol的解决思路
太长不看版
- magick的安装需要底层的imagemagick支持
- Ubuntu16.04由于版本老旧，安装的旧版imagemagick无法使用
- 使用spack自己安装新版，可以解决编译问题。
果子老师向我求助，让我帮忙安装一个R包, magick。这个R包，我在自己的CentOS系统的服务器上安装过，在我的Mac上装过，我觉得应该不是个大问题。
然而，从最后我所花的时间来看，这确实是个大问题，因为这是果子老师提出的问题，但凡是他提出的问题，他肯定是前期花了点时间的，也就是常规的路子都走过了，实在没法子才来找我出手。
这个信息的报错消息如下
magick.so: undefined symbol: _ZNK6Magick8GeometrycvNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEEEv
我通过检索，发现有人通过设置~/.R/Makevars里的C++配置解决过
CXX11=/usr/bin/g++
但是，我测试过了这个方法，并不可行。不过，在这个思路下，我有两个猜测
- R语言版本或许要最新版4.2.2，这是最简单的思路。很大一部分问题都可以通过升级R来解决。
- GCC版本低，无法提供magick所要求的库。
对于第一个猜想，我编译了最新R4.2.2, 但是发现并不是原因。
对于第二个猜想，我得编译一个gcc，这个我在2018年的【无root权限下解决编译时的依赖问题】中介绍过，但是那个操作太复杂了，现如今可以考虑用spack(https://spack.io/)。
# 关于spack的安装和使用，不在此文介绍
spack install gcc
spack load gcc
但是，基于最新的GCC去编译R包依旧不行，甚至，基于最新的GCC编译的最新的R也不行。此时，我的心态有点暴躁，于是，我想着要不要就不在这台服务器上编译了，用另一台Ubuntu服务器编译好，复制过来不就好了吗？
但是，由于两台机子的Ubuntu版本不同，结果有依赖库的问题
错误: package or namespace load failed for ‘magick’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
无法载入共享目标对象‘/home/xzg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/magick/libs/magick.so’：:
libMagick++-6.Q16.so.8: cannot open shared object file: No such file or directory
这个情况，有一种偷懒的方式，就是用ln 做了软连接
ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMagick++-6.Q16.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libMagick++-6.Q16.so.8
然而，依旧报错（好消息不是之前的错误）
/home/xzg/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/magick/libs/magick.so:
undefined symbol: _ZN6Magick5Image10fontWeightEm
尽管失败了，但是我有了一个新的猜想， 那就是系统自带的Magick的版本低了。有没有一种可能，在R里，我安装旧版本的magick就可以避免这个问题呢？于是，我找到了它的历史存档 https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/magick/，从1.0测试到2.6 ，无一成功。
好吧，这条路也走不通，那我只能去编译一个最新的imagemagick
spack install imagemagick
spack load imagemagick
# 动态库，没有这行命令，编译过程最后一步还是失败
export LD_LIBRARY_PATH=/home/xzg/spack/opt/spack/linux-ubuntu18.04-skylake_avx512/gcc-7.5.0/imagemagick-7.0.8-7-663acxuiasjhkjxymveygisoduukdmpa/lib:$LD_LIBRARY_PATH
然后安装magick，终于这条路成功了！
终于，我可以断定，果子老师之所以安装不了magick是因为它的Ubuntu系统里没有安装最新的imagemagick底层库。之所以，他没法用下面的语句安装最新的imagemagick底层库，是因为它用的是16.04版本Ubuntu。
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y libmagick++-dev
不过，问题还是没有顺利的解决，因为我们希望这个包是给所有人用的，而非自己用。
有两种方法，一种是让其他用户添加一个环境变量，LD_LIBRARY_PATH。
另一种方式，当你是root用户，你就可以在 /etc/ld.so.conf.d/里加上一个配置文件，比如说我的是，imagemagick-7.0.8-7-663.conf，里面是lib路径
/home/xzg/spack/opt/spack/linux-ubuntu18.04-skylake_avx512/gcc-7.5.0/imagemagick-7.0.8-7-663acxuiasjhkjxymveygisoduukdmpa/lib
然后调用ldconfig 让配置生效，就可以让我们自己编译的动态库变成系统级。
故事到这里基本就结束了，只有最后一个小插曲，那就是果子老师最终目标是安装spatialLIBD
BiocManager::install("spatialLIBD")
但是安装过程中,另一个R包textshaping出错，提示信息如下
--------------------------- [ANTICONF] --------------------------------
Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing:
* deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL)
* csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev (Solaris)
* brew: harfbuzz fribidi (OSX)
If harfbuzz freetype2 fribidi is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a harfbuzz freetype2 fribidi.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
-------------------------- [ERROR MESSAGE] ---------------------------
<stdin>:1:10: fatal error: hb-ft.h: No such file or directory
compilation terminated.
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘textshaping’
* removing ‘/opt/R-4.2.1/lib/R/library/textshaping’
其实解决思路很简单，也就是用 apt install libharfbuzz-dev libfribidi-dev去安装这个依赖就好。然而，没有那么顺利
下列软件包有未满足的依赖关系：
libfribidi-dev : 依赖: libfribidi0 (= 0.19.7-1) 但是 0.19.7-2 正要被安装
E: 无法修正错误，因为您要求某些软件包保持现状，就是它们破坏了软件包间的依赖关系
不过，无所谓了，我直接用 spack自己装一份fribidi就好了。
参考资料