1.Jpa(hibernate)是全自动的，mybatis是半自动的
hibernate完全可以通过对象关系模型实现对数据库的操作，拥有完整的实体类对象与数据库的映射结构来自动生成sql。mybatis只有基本字段的映射，操作数据库时仍然需要书写sql
2.Jpa(hibernate)数据库移植性远大于mybatis。
hibernate通过它强大的映射结构和hql语言，大大降低了对象与数据库（oracle、MySQL等）的耦合性，而mybatis由于需要手写sql，因此与数据库的耦合性直接取决于程序员写sql的方法，如果sql不具通用性而用了很多某数据库特性的sql语句的话，移植性也会随之降低很多，成本很高。
3.Jpa(hibernate)拥有比较完整的日志系统，mybatis则欠缺一些。
hibernate日志系统非常健全，涉及广泛，包括：sql记录、关系异常、优化警告、缓存提示、脏数据警告等；而mybatis则除了基本记录功能外，功能薄弱很多。
4. mybatis相比Jpa(hibernate)需要关心很多细节
Jpa(hibernate)前期学习比较复杂，但是学会后，开发效率很高。mybatis学习比较简单，因为比较简单，需要在使用的时候关心具体的细节问题，比如#和$使用场景等等...
5. sql直接优化上，mybatis要比Jpa(hibernate)便很多
由于mybatis的sql都是写在映射的xml里，因此优化sql比hibernate方便很多。而Jpa(hibernate)的sql很多都是自动生成的，无法直接维护sql；虽有jpql，但功能还是不及sql强大。