Loss-augmented Max-margin Constraint Generation(LAM-CG) algorithm

Computational approaches for RNA energy parameter estimation

Year: 2010
Authors: MIRELA ANDRONESCU, ANNE CONDON, HOLGER H. HOOS, DAVID H. MATHEWS, and KEVIN P. MURPHY
Journal Name: BIOINFORMATICS

Motivation

将最大间隔应用于CG模型中

Research Objective

改进估计能量参数的优化方法。

Background

Constraint generation(CG) approach

Method

在CG模型中，真实结构的自由能被要求少于其他结构的自由能。而在LAM-CG模型中，作者要求这两者之间自由能的差距要与两者结构相似性成比例。直观来讲，两者结构差距越大，自由能差距越大。

Future Work

1. 研究不佳的预测结构与使用参数的相关性，从而提出一种更好的预测方法
2. 对数据可靠性进行更好的理解，从而提升数据质量。
3. 改善模型特征和能量方程