clustalw序列比对_几个多序列比对软件：Muscle,ClustalW和T

ClustalW是现在用的最广和最经典的

ClustalW不仅可以用来做多序列比对,也能做Profile-profile比对,以及基于Neighbor-joining方法构建进化树.但是最常用的是多序列比对.从速度上来说,它有两种运行模式:accurate,slow 和fast,appropriate.即使是fast模式它的速度也不如

ClustalW的基本原理是首先做序列的两两比对,根据该两两比对计算两两距离矩阵,然后用NJ或者UPGMA方法构建Binary进化树作为guide tree,最后用progressive的方法根据guide tree逐步添加序列进行比对,一直到所有序列都比对好.

以上是三个软件的比较简单的比较,如果想知道的更具体需要看原始文献.需要注意的是,虽然从总体上来说,不同的软件的效果不一样,但是如果我们只是针对具体的问题想做一个比对,那么最好是综合几种方法得到的结果更可靠. 此外,当序列的相似性较高的时候(>80%),以上的任何一个软件的准确度都能够达到90%以上.

相关的论文:

ClustalW和ClustalX

ClustalW and ClustalX version 2 (2007) Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ and Higgins DG .Bioinformatics 2007 23(21): 2947-2948. doi:10.1093/bioinformatics/btm404

A new bioinformatics analysis tools framework at EMBL-EBI (2010).Goujon M, McWilliam H, Li W, Valentin F, Squizzato S, Paern J, Lopez R.Nucleic acids research 2010 Jul, 38 Suppl: W695-9.doi:10.1093/nar/gkq313

T-Coffee: A novel method for multiple sequence alignments.Notredame,Higgins,Heringa,JMB,302(205-217)2000 [pdf][medline]