python包Toil---跨平台工作流管理系统

简介

Toil是一个开源的纯python开发的工作流引擎

运行执行CWL工作流以及WDL工作流，允许跨平台开发测试部署

官网：  https://toil.readthedocs.io/en/latest/

生信有很多需要串流程的，Toil是个不错的工具

环境安装

toil目前仅支持python2.7，且需要virtualenv才可以安装

如果不是集群可以如下安装

sudo pip install virtualenv
virtualenv ~/venv
source ~/venv/bin/activate
pip install toil
pip install pysam
pip install docker

集群安装

clush -a pip install toil
clush -a pip install pysam
clush -a pip install docker

运行基本工作流程

工作流程由单个作业组成。该作业的资源需求由关键字参数（内存，内核，磁盘）指定。工作流程中的原子工作单元是Job

编写Toil pipeline 首先要定义好Job，都是继承Job的抽象类，例子如下： 要定义好输入文件和输出文件，继承Job类：super(HelloWorld, self).init(*args, **kwargs)；再定义好抽象方法 run，Toil会pickle这个run的方法和它的参数到一个文件，把这个文件拷贝到其他集群，需要运行到时候就load这个文件ÿ