Shiny-Server的安装和使用教程

薛祯

2023-12-01

Shiny-Server

Shiny server 可以在线发布shiny应用程序并让用户可以在线管理自己的shiny应用程序。
Shiny Server运行各种不同的shiny程序，

Shiny Server can manage R processes running various Shiny applications over different URLs and ports. Using Shiny Server offers a variety of benefits over simply running Shiny in R directly. These features allow the administrator to:

可以同步进行多个应用程序，每一个应用程序都有自己的链接。
确保系统用户可以自己开发并管理他们的shiny应用程序。
确保当R进程出现问题后可以为下一个用户访问时自动重启。

详细的shiny-server教程可以查看 https://docs.rstudio.com/shiny-server/

安装

Ubuntu

# install R
sudo apt-get install r-base

# install shiny
sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

# download and install
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.17.973-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.17.973-amd64.deb

RedHat/CentOS

# install R
sudo yum install R

# install shiny
sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""

# download
wget https://download3.rstudio.org/centos7/x86_64/shiny-server-1.5.17.973-x86_64.rpm

# install 
sudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.5.17.973-x86_64.rpm

详细可以查看https://www.rstudio.com/products/shiny/download-server/redhat-centos/

shiny-server的启动和停止

# 启动 shiny-server
sudo systemctl start shiny-server

# 停止 shiny-server 
sudo systemctl stop shiny-server

# 重启 shiny-server
sudo systemctl restart shiny-server

# 检查 shiny-server 的状态
sudo systemctl status shiny-server

# 启动 shiny-server
sudo systemctl enable shiny-server

# 停止运行 shiny-server
sudo systemctl disable shiny-server

Shiny-Server管理

实际上来说，shiny-server的管理都在其配置文件上，默认情况下，它的配置文件是在/etc/shiny-server/shiny-server.conf. 一般的shiny-server的配置文件内容如下：

# Define the user we should use when spawning R Shiny processes
# 设置运行R shiny 进程的user是谁
run_as shiny;

# Define a top-level server which will listen on a port
# 定义服务器的监听端口
server {
  # Instruct this server to listen on port 3838
  # shiny-server的监听端口为3838
  listen 3838;

  # Define the location available at the base URL
  # 定义可以使用的基本URL链接
  location / {
    #### PRO ONLY ####
    # Only up tp 20 connections per Shiny process and at most 3 Shiny processes
    # per application. Proactively spawn a new process when our processes reach 
    # 90% capacity.
    # 此处的设置是指可以同时有20个连接进行shiny的运行进程，最多每个应用程序有3个连接进程可以同时进行。
    # 进程最多达到的90%的内存。
    utilization_scheduler 20 .9 3;
    #### END PRO ONLY ####

    # Run this location in 'site_dir' mode, which hosts the entire directory
    # tree at '/srv/shiny-server'
    # 使用'site_dir'的话，对应的主目录是/srv/shiny-server
    # 把应用程序放置在这个指定的目录下，即可运行。（记得提前安装好需要的R包）
    site_dir /srv/shiny-server;
    
    # Define where we should put the log files for this location
    # 指定日志存放的位置在/var/log/shiny-server
    log_dir /var/log/shiny-server;
    
    # Should we list the contents of a (non-Shiny-App) directory when the user 
    # visits the corresponding URL?
    # 当用户访问相关的URL链接时，是否显示当前目录下的内容
    directory_index on;
  }
}


# Setup a flat-file authentication system. {.pro}
# 设置平面文件身份验证系统，只有pro的shiny-server才可以运行。

auth_passwd_file /etc/shiny-server/passwd;

# Define a default admin interface to be run on port 4151. {.pro}
admin 4151 {
  # Only permit the user named `admin` to access the admin interface.
  required_user admin;
}

谁来运行shiny App

默认情况下，shiny的应用程序的运行是 shiny用户，它在安装shiny-server时就已经被创建了。
如果需要指定其他用户来运行的话，需要run_as来设置一下。

location / {
  run_as tim;
}

还需要注意的是改变运行程序的用户后，程序所在的位置也应该能够被这个用户相应的权限才可以。

shiny App运行所需的R包

如果是使用shiny用户来运行你的shiny程序的话，你需要使用shiny用户来安装R包，毕竟在此处总会涉及到权限的问题。
我自己测试过，使用shiny作为运行用户，可以在root环境下安装R包，这样shiny程序仍然是可以运行的。

设置端口号

默认端口号是3838。下面的例子是在配置文件中设置端口号80

server {
  listen 80;
}

Location

Location的指令定义了shiny应用程序的存放位置以及所使用的URL链接。
比如，以下是定义了访问 http://localhost:3838/specialApp可以访问到存放在/srv/shiny-server/myApp的shiny应用程序。

server {
  ...
  # Define the location '/specialApp'
  # 设置访问链接是/specialApp
  location /specialApp {
    # Run this location in 'app_dir' mode, which will host a single Shiny
    # Application available at '/srv/shiny-server/myApp'
    # 使用`app_dir`，指定其shiny应用程序的存放位置
    app_dir /srv/shiny-server/myApp;
  }
  
  # Define the location '/otherApps'
  location /otherApps {
    # Run this location in 'site_dir' mode, which hosts the entire directory
    # tree at '/srv/shiny-server/apps'
    # 使用site_dir模式，可以将shiny程序放在这个指定的/srv/shiny-server/apps文件夹下，
    # 访问的链接也会根据文件的路径来自动生成相应的URL链接
    site_dir /srv/shiny-server/apps;
  }
...
}

更新时间：2021-10-29