linux安装ABySS
安装环境：Ubuntu 14.04
gcc version 4.8.4
1. 安装openmpi
Linux 下输入命令
(1)获取openmpi包：
wget http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/downloads/openmpi-1.4.3.tar.bz2
(2)解压：
tar jxvf openmpi-1.4.3.tar.bz2
(3)进入解压后的文件夹：
cd openmpi-1.4.3/
(4)配置，在配置的时候将安装目录统一指定为$HOME，将程序执行文件，库文件及头文件全部安装在自己的目录下，因为没有root权限， --enable-mpi-threads表示允许多进程运算。
./configure --prefix=$HOME --enable-mpi-threads
配置时发现少了Boost C++ Libraries，该库文档的链接为：
http://www.boost.org/doc/libs/
输入命令：（如果原本有的这个Boost C++库的话这步可以忽略），这里要用到管理员权限：
sudo apt-get installbuild-essential
sudo apt-get installbuild-essential --fix-missings
如果没有管理员权限的话，要下载Boost C++包，安装方法参考官网文档：Easy Build and Install
http://www.boost.org/doc/libs/1_61_0/more/getting_started/unix-variants.html#easy-build-and-install
(5)配置完之后输入：
make
(6)接着输入：
make install
2. 安装Googlesparsehash
(1)Linux下输入命令，获取Google sparsehash包:
wget https://github.com/sparsehash/sparsehash/archive/sparsehash-2.0.3.tar.gz
(2)解压
tar -zxvfsparsehash-sparsehash-2.0.3.tar.gz
(3)进入解压后的文件夹
cd sparsehash-sparsehash-2.0.3/
(4)配置
./configure --prefix=$HOME
(5)编译
make
(6)安装
make install
3. 安装sqlite3
(1).下载安装包：
wget http://www.sqlite.org/2016/sqlite-autoconf-3130000.tar.gz
(2)解压
tar -zxvfsqlite-autoconf-3130000.tar.gz
(3)进入解压后的目录
cd sqlite-autoconf-3130000/
(4)配置
./configure --prefix=$HOME
(5)编译，安装
make
make install
4. 安装ABySS
(1)Linux下输入命令，获取包：
wget https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/1.9.0/abyss-1.9.0.tar.gz
(2)解压
tar -zxvf abyss-1.9.0.tar.gz
(3)进入解压后的文件夹
cd abyss-1.9.0/
(4)配置，设置成允许最大k-mer为96，并行计算mpi支持，安装到home目录，指定google sparsehash头文件所在(关于CPPFLAGS参数：C/C++/ObjectiveC preprocessor flags, e.g. -I<include dir> if you have headers in anonstandard directory <include dir> 即把预处理的标志，把一些头文件include进来)
./configure --enable-maxk=96 --with-mpi--with-sqlite=$HOME --prefix=$HOME CPPFLAGS=-I$HOME/include
(5)编译
make
(6)安装
make install
(7)设置环境变量
gedit ~/.profile
在文件的末端加上：
export ABYSS_HOME="XXX"
其中XXX表示安装ABySS的路径
(8)输入
source ~/.profile
使更改的文件立即生效。
验证，可输入：
ABYSS --help
出现：Usage: ABYSS -k<kmer>-o<output.fa> [OPTION]... FILE...
Assemble the input files, FILE, which maybe in FASTA, FASTQ,
qseq, export, SAM or BAM formatand compressed with gz, bz2 or xz.
Options:
……
说明ABySS安装成功了。