Abyss

作者：龙炎 联系邮箱：1125570247@qq.com 时间：2016/07/25   一．ABySS的功能 分别为：  组装paired-end库(paired-endlibrary)， 组装多个库(multiplelibraries)，              组装长距离的mate-pair库(Long-distance mate-pair libraries)， Rescaffoldin

主流的NGS基因组组装软件都是先将序列划分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph图论算法，得到组装好的序列。程序运行时，kmer字符串时存储在内存中，所以要求计算机的内存要足够大。 Abyss 基于布隆过滤器，不直接储存字符串，减少了内存的消耗。软件的官网如下 http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss 安装过程如下 wge

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Abyss安装前需要安装依赖包 1.gcc(CentOS默认安装)：使用gcc -v查阅版本，有anaconda可以直接 conda install gcc 2.open MPI-4.0.4：https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.4.tar.bz2 open MPI-4.0.4：https://downlo

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本文转自  http://yangl.net/2015/11/12/abyss_install/ ABySS: ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. The single-processor version is useful for assembl

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