根据fasta序列call SNP----snippy-multi

snippy multi 可以根据组装后的scaffold 去提取SNP matrix 矩阵，但经常遇到问题。

原本的脚本是 ： 

snippy-multi input.tab --ref Reference.gbk --cpus 16 > runme.sh

这里的input.tab 就是自己输入的一个文件 文件格式是

ID  fasta路径  （中间用tab隔开）

如果有报错 什么 unreable file 'aa' 之类的，就是input.tab的文件格式不对

那么你就可以用od -c aa 去看看文件中间是不是\t，如果不是 sed 替换一下/ vim 编辑一下tab文件就好了。
 

while read a ; do echo "$a $path/${a}/scaffolds.fasta" >> ID1000_scaffolds; done < ../07.pheno/ID1000
# od -c 看文件是否有\t \n vim 替换
snippy-multi ID1000_scaffolds -ref GCF_000240185.1_ASM24018v2_genomic.gbff --cpus 16 > runme.sh

# 替换snippy路径 %/^/\/pathsnippy\/bin\//g 这一步是因为我用的别人的snippy-multi 但是snippy 想用自己的，可以不用管

# head 1000 runme.sh >qsub.sh