bowtie

Bowtie使用介绍 转载自：http://bioinformation.cn/?p=316 Bowtie（下载）是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非

此处仅记录用法，详细步骤查看官方文件：https://github.com/BenLangmead/bowtie/blob/master/MANUAL bowtie简介 [Bowtie] is an ultrafast, memory-efficient short read aligner geared toward quickly aligning large sets of short DN

简介 Bowtie 2是一个超快的、内存效率高的工具，用于将测序读数与长参考序列进行比对。它特别擅长将大约50个到100个或1000个字符的读数进行比对，尤其擅长与相对较长的（如哺乳动物）基因组比对。Bowtie 2用FM索引对基因组进行索引，以保持其内存占用小：对于人类基因组，其内存占用通常约为3.2GB。Bowtie 2支持间隙式、局部式和成对端对齐模式。 其中FM index就是就是一个BW

懒人必看Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法：bowtie2 [options]* -x {-1 -2 | -U

bowtie 短序列比对工具详解 常见的短序列比对工具有很多，如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点，但同时也具备了一些缺点。权衡利弊，我选择bowtie作为主要的短序列比对工具。它速度很快，比对结果也容易理解。 现在举个例子来探讨bowtie的使用方法：现在有GENOME.fa、高通量测序数据Reads.fa，我们希望将Reads.fa比对到基

一、转录组还是基因组？ map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题，是基因组测序（DNA-seq）还是转录组测序(mRNA-seq)。其中的区别是对于真核生物而言，mRNA序列与DNA序列并不完全相同，在经历了后剪切之后，成熟的mRNA可能是原基因的一部分，甚至顺序及个别碱基会产生变化。如果是mRNA测序，那map工作就会在DNA

懒人必看 Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法： bowtie2 [options]* -x {-1 -2 | -U

Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。 Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。 在 使用bowtie前，需要使用bowtie-build来构建比对模板。如果

 对常用的比对软件学习进行用法整理记录。记录的内容相对简单，详细说明及用法还得参考软件使用说明书 bwa、bowtie2、tophat、hisat bwa bwa(Burrows-Wheeler Aligner) bwa文档说明 http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml BWA用于将低差异的序列映射到一个大的参考基因组，如人类基因组。由BWA-back