MacOS Sierra 10.12.15上的rJava：不支持的选项fopenmp

Question

我正在尝试在MacOS Sierra上安装rJava。必须在其他地方尝试其他版本MacOS的提示和指南，例如 https://github.com/snowflakedb/dplyr-snowflakedb/wiki/Configuring-R-rJava-RJDBC-on-Mac-OS-X 并在Mac上安装xlsx和rJava

但这并不奏效。非常感谢任何帮助。谢了。

我的Mac版本:macOS Sierra版本10.12.15我的R版本:3.4.0 (2017-04-21)我的Rstudio版本:版本0.99.903

Java版本：

bash-3.2$ /usr/libexec/java_home -V
bash-3.2$ java -version
java version "1.8.0_131"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_131-b11)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.131-b11, mixed mode)


bash-3.2$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_131
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Non-system Java on macOS

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin  -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
override rw-r--r--  root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf? (y/n [n]) n
not overwritten
override rw-r--r--  root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/ldpaths? (y/n [n]) n
not overwritten
Done.

当我试图安装rJava时，我运行了

`R --quiet -e 'install.packages("rJava", type="source", repos="http://cran.us.r-project.org")` 

我得到了错误：

clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava’

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/w8/ksbj8dh15bz2lkss7h2tpzk80000gn/T/Rtmp6r9HI0/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rJava", type = "source", repos = "http://cran.us.r-project.org") :
  installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status

我跑了：

"curl -#ROL https://www.rforge.net/rJava/snapshot/rJava_0.9-8.tar.gz
R CMD INSTALL rJava_0.9-8.tar.gz"

并得到以下错误消息：

clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’

* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava’

我不知道该怎么办。谢谢你的帮助。

Answer 1

看看这里：

http://www.owsiak.org/?p=3671

你可以找到关于如何在macOS中处理rJava的相当详细的描述。

在继续操作之前，请确保安装 Oracle 提供的 JDK。

Answer 2

注释 将 OSX 10.12.6 与 Java 1.8.0_181 一起使用，并处理上述问题和与编译 rJava 相关的另一个问题。

使用以下命令安装rJava：

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-10.tar.gz
tar xvfz rJava_0.9-10.tar.gz
cd rJava
R CMD INSTALL rJava

为什么使用R CMD INSTALL？这将保留config.log文件，使您能够进行调试；install.packages()没有，在这种情况下，帮助您获取可能不是很有帮助(例如https://github . com/s-u/rJava/issues/111)。

如果您已经更新了Java，请确保运行以下代码(记住您需要的是JDK，而不是JRE)。

sudo R CMD javareconf

要修复此错误，请执行以下操作：

checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.

执行以下操作:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
sudo ln -f -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/

要修复此错误，请执行以下操作：

clang: error: unsupported option '-fopenmp

执行以下操作：

注意：对于较新版本的 gcc，可能需要修改说明，但请确保您获得的版本大于 7（请参阅下面的注释）;以下命令可用于查找可用版本：

brew search gcc

然后安装gcc：

brew install gcc@7
sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
brew link --overwrite --force gcc@7
brew unlink gcc@7 && brew link gcc@7
brew install llvm
mkdir -p ~/.R

## Check the versions and folder in FLIBS match what you install
echo "CC=gcc-7
CXX=g++-7
CXX1X=g++-7
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc\@7/7.3.0/lib/gcc/7" > ~/.R/Makevars

注意：您需要任何大于 7 的 gcc 版本;前面答案中提到的 without-multilib 标志可能不可用，但它很重要。为什么没有multilib标志？：macOS上的 https://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/ 和OpenMP / gcc：gcc --without-multilib不可用

然后安装rJava

R CMD INSTALL rJava

最后，测试库(您应该看到您的Java版本):

library(rJava)
.jinit()
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")

Answer 3

本文在macOS Sierra 10.12.4上为我解决了这个fopenmp问题。我在这里概述了解决方案，但也在下面。问题是macOS gcc不支持取证选项，所以我们必须编译一个新版本的gcc。

forenmp问题的解决方案

我已经用Homerew的r-app brew cask install r-app和Oracle的JDK对此进行了测试。然后我做了以下事情

brew install homebrew/versions/gcc49 --without-multilib #Long ~70min compiling...
sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
brew link --overwrite --force gcc49
brew unlink gcc49 && brew link gcc49
brew install llvm
mkdir ~/.R; touch ~/.R/Makevars

echo "VER=-4.9 
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CXX1X=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.3/lib/gcc/4.9" > ~/.R/Makevars

现在

sudo R CMD javareconf 
Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

现在rJava开始工作了！