如何在Python中阅读16Uint图像

Question

我有一个医疗16未签名的jpeg图像，我需要在python中读取它。这些图像只能用mathlab来读取，我的项目需要读取它的实际像素值，并且需要在该值中进行一些数学运算。你可以找到以下链接中的图像

https://drive.google.com/file/d/0B4l5GiM7kBXraDEyMXdseENfUlE/edit?usp=sharing

当我被要求在mathlab中获取图像信息时，下面的描述就来了。

i = imfinfo('di.jpg')

i = 

       Filename: [1x56 char]
    FileModDate: '14-Jul-2014 15:22:13'
       FileSize: 1044064
         Format: 'jpg'
  FormatVersion: ''
          Width: 1024
         Height: 1024
       BitDepth: 16
      ColorType: 'grayscale'
FormatSignature: ''
NumberOfSamples: 1
   CodingMethod: 'Huffman'
  CodingProcess: 'Lossless'
        Comment: {'Created by AccuSoft Corp.'}

我已经使用matplotlib，opencv，cikitImage，sippy，medpy，PIL库在python中读取此图像。我无法在这些类型中读取此图像。

当我在python中使用时，下面的错误代码即将出现：import Image img=Image。打开（'di.jpg'）打印（img）

raise IOError("cannot identify image file")
IOError: cannot identify image file

请帮我解决问题

Answer 1

这似乎与我们在python中读取16个无符号整数（16 uint）jpeg文件的方式完全相同

我看了一下你的照片https://drive.google.com/file/d/0B4l5GiM7kBXraDEyMXdseENfUlE/edit?usp=sharing。很明显，这是一幅采用哈夫曼编码的16位灰度无损JPEG图像。然而，对于无损编码，至少有：

• JPEG无损（罕见、陈旧）

有关这些的更多信息，请参阅：http://en.wikipedia.org/wiki/Lossless_JPEG

cel在注释中提到的GDCM库使用CharLS库读取JPEG-LS。这个库确实有Python绑定，但不幸的是拒绝加载图像，因为它不是JPEG-LS文件。（但是，YMMV，请参阅下面的malat的评论。）

我还试图查询ImageMagick的标识，它提供了更多的信息：

identify.im6: Unsupported JPEG process: SOF type 0xc3 `/tmp/di.jpg' @ error/jpeg.c/JPEGErrorHandler/316.

现在SOF类型在JPEG中很重要。错误消息表明有问题的文件是一个“JPEG无损”文件。（这可以通过它使用霍夫曼编码的事实来推断。）令人讨厌的是，这种类型文件中使用的编码方案与标准JPEG完全不同，标准JPEG库不支持它。

似乎至少有两个开源库支持文件格式：

• IJG的JPEG库版本6b（旧！）用特殊的补丁修补

我尝试了后者，它的命令行工具确实识别了该文件并将其解码为更有用的文件（灰度PPM文件）。

因此，这至少提供了一种路线。您必须编译和安装库，然后为它创建必要的Python绑定。或者，您可以使用命令行工具作为外部转换工具，并使用它们运行，例如，子进程。最佳方法取决于您的平台。