无法使用rPython或pythoniner导入python模块

Question

当我尝试导入诸如“pymc3”或“theano”之类的模块时，rPython或pythoniner无法定位这些模块，即使我已经安装了它们。我使用的是Ubuntu 16.04、R3.4.2和python 3.5.2

这两个包似乎无法找到某个文件夹，但是在我将路径追加到sys.path后，它就不起作用了，sys.path包含了我需要的所有包，通过使用以下命令：

pyExec("sys.path.append('/home/lijiakai/.local/lib/python3.5/site-packages')")

结果似乎也不错：

pyExec('import sys; print(sys.path)')

['''/usr/lib/python35.zip'、'/usr/lib/python3.5'、'/usr/lib/python3.5/plat-x86_64-linux-gnu'、'/usr/lib/python3.5/lib-dynload'、'/usr/local/lib/python3.5/dist-packages'、'/usr/lib/lib/python3.5/dist-packages'、'、'/home/lijiakai/.local/lib/python3.5/site-packai']

我导入了包：

pyExec('import pymc3')

然后收到以下错误：

Traceback (most recent call last):   File "<string>", line 1, in
<module> **ImportError** :  No module named 'pymc3' Error in
pyExec("import pymc3") :    An error has occured while executing
Python code. See traceback above.

完全让我疯了...真的很感激有人能帮我。谢啦

Answer 1

如果您使用anaconda，您可能需要转到包reticate，在那里您可以指定要使用的python版本。

# install.packages("reticulate")
library(reticulate)
use_python("/anaconda/bin/python")

然而，从我的经验来看，这是较慢的。

否则，如果使用“标准”Python，可以从删除rPython开始：

remove.packages("rPython")

然后重新安装，并指定版本：

install.packages("rPython", configure.vars= "RPYTHON_PYTHON_VERSION=3.5")

这应该在您的机器上使用Python_3.5，更多细节请参见此处。

您可以使用以下方法测试是否成功：

library(rPython)
python.exec(c("import sys", "\n", "print(sys.version)"))