condas`source activate virtualenv`在Dockerfile中不起作用

Question

我正在尝试基于公共Continuumio/Anaconda3容器设置一个简单的docker映像（我对docker相当陌生，所以请纠正我可能的错误认识）。

DockerFile:

FROM continuumio/anaconda3:latest

# update conda and setup environment
RUN conda update conda -y \
    && conda env list \
    && conda create -n testenv pip -y \
    && source activate testenv \
    && conda env list

/bin/sh: 1: source: not found

FROM continuumio/anaconda3:latest

# update conda and setup environment
RUN conda update conda -y \
    && conda env list \
    && conda create -y -n testenv pip \
    && /bin/bash -c "source activate testenv" \
    && conda env list

这似乎一开始起作用，因为它输出:prepending/opt/conda/envs/testenv/bin to path，但是conda env list以及assecho$path清楚地显示它不：

[...]
# conda environments:
#
testenv                  /opt/conda/envs/testenv
root                  *  /opt/conda

---> 80a77e55a11f
Removing intermediate container 33982c006f94
Step 3 : RUN echo $PATH
---> Running in a30bb3706731
/opt/conda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin

docker文件作为一个MWE开箱即用。我很感激任何想法。谢谢！

Answer 1

编辑：我开发了一种新的改进方法，它比“conda”、“run”语法更好。

dockerfile示例可在此GIST中获得。它通过利用自定义入口点脚本在exec执行run节的参数之前设置环境来工作。

shell是（简单地说）一个进程，它可以充当任意程序的入口点。exec“$@”允许我们启动一个新进程，继承父进程的所有环境。在本例中，这意味着我们激活conda（它基本上破坏了一堆环境变量），然后运行/bin/bash-c contents_of_docker_run。

这里是我以前的方法，由伊塔马尔特纳-特鲁纳提供；多谢他们！

# Create the environment:
COPY environment.yml .
RUN conda env create -f environment.yml

# Set the default docker build shell to run as the conda wrapped process
SHELL ["conda", "run", "-n", "vigilant_detect", "/bin/bash", "-c"]

# Set your entrypoint to use the conda environment as well
ENTRYPOINT ["conda", "run", "-n", "myenv", "python", "run.py"]

使用conda可能是一种令人沮丧的体验，因为这两种工具实际上都想独占环境，而且理论上，您不应该在容器中使用conda。但是最后期限和技术债务是一件事，有时你只需要完成它，有时conda是提供依赖的最简单的方法（看看你，GDAL)。