导入Cytoscape Desktop 3.1 BETA版导出的JSON文件（.cyjs）到Cytoscape.js

Question

我使用内置导出器从Cytoscape3.1beta3导出了一个protein-protien网络到一个JSON（cyjs）文件。我试图使用Cytoscape.js库将此cyjs文件导入到web应用程序，但失败了。

我在这里阅读了gcpdev昨天提出的问题（将JSON数据导出和导入到Cytoscape.js)，但它对我没有帮助。

<script type="text/javascript">

$('#cy').cytoscape({
  layout: {
    name: 'arbor',
    liveUpdate: true, 
  },

   ready: function(){

     window.cy = this;
     var jsonfile = "src/inside_sc.cyjs";

     $(document).ready(function() {

       $.getJSON(jsonfile, function(json) {
         cy.add( JSON.parse( json ) );
       });

     });

   }
});

</script>

我在Chrome控制台上总是收到这样的错误消息：

Uncaught SyntaxError: Unexpected token o      index.html:38
  (anonymous function)                        index.html:38
  j                                           jquery-1.11.0.min.js:2
  k.fireWith                                  jquery-1.11.0.min.js:2
  x                                           jquery-1.11.0.min.js:4
  b                                           jquery-1.11.0.min.js:4

其中index.html是我的文件，第38行是：

 cy.add( JSON.parse( json ) );

我得到了相同的错误消息与更改。如果添加一些样式和基本节点&边，或者使用$.parsejson()函数，都不起作用。

 An element must be of type `nodes` or `edges`; you specified `undefined`
 Uncaught TypeError: Cannot read property 'single' of undefined

Answer 1

据我所知，从Cytoscape-desktop导出的JS不是cy.add()或init选项的临时替换。您需要检查Cytoscape-desktop生成的文件，并在init选项(options.elements)中指定JSON中元素的路径。