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如何利用Cytoscape分析“一对多”数据值

杜思远
2023-03-14

我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣,我一直在阅读Cytoscape网站上的教程,但不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。

例如,每个基因通常被指定为一个“节点”,具有与其他基因相互作用对应的“边缘”。Cytoscape使用“属性”将节点或边缘名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对一”比较中,你可能有一个10个基因及其表达值的列表,这样每个基因的属性将是1)基因的名称和2)表达值。看起来很清楚Cytoscape将如何使用这些类型的数据来构建交互网络。

请让我知道,如果有人有关于如何正确使用“一对多”数据作为细胞景观的输入的建议。

谢了!

共有1个答案

唐弘厚
2023-03-14

Cytoscape可以支持节点或边缘上的多个属性。在您的例子中,听起来像是有一个节点链接到其他几个节点,并且该链接具有多个属性,因此类似于以下内容:

来源,目标,attr1,attr2 node1,node2,0.1,0.2 node1,node3,0.01,0.0 node1,node4,0.5,0.0 node2,node3,0,0.1······

或者,例如,如果您的值表示两个不同的关系或两个不同的方向,您可以将它们拆分:

--滑板车

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