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问题:

如果条件不改变缩进,则更改列中的值

朱乐逸
2023-03-14

以下是我需要更改的一些值:

如果第一列是2=

如果第一列是8=

如果第一列是16=

CHR          SNP         BP   A1       TEST    NMISS       BETA         STAT            P 
   2   rs10173732      31404    A        ADD     2607   -0.02162       -1.552       0.1207
   2   rs10173732      31404    A       COV1     2607     0.2659        24.15   1.849e-116
   2   rs11684864    2547285    G        ADD     2596  -0.009581      -0.6387       0.5231
   2   rs11684864    2547285    G       COV1     2596     0.2672        24.18   1.212e-116
   2   rs11684864    2547285    G       COV2     2596   0.004941        9.564    2.548e-21
   8    rs3826201   88651817    T       COV3     2576    -0.0186        -15.7    4.335e-53
  16    rs8047319   88684276    C        ADD     2538    0.01115        1.271        0.204
  16    rs8047319   88684276    C       COV1     2538     0.2632        23.73   1.402e-112
  16    rs8047319   88684276    C       COV2     2538   0.005039        9.715    6.276e-22
  16    rs8047319   88684276    C       COV3     2538   -0.01891        -15.9    2.583e-54

然而,这个命令并不方便,因为它改变了缩进,并且带有8的行似乎不适合:

awk '{ if ( $1 == 2 ) { $1 = 1 } else if ( $1 == 8 ) { $1 == 2 } else if ( $1 == 16 ) { $1 = 3 }; print}' TEST > TESTnew

输出:

 CHR          SNP         BP   A1       TEST    NMISS       BETA         STAT            P 
1 rs10173732 31404 A ADD 2607 -0.02162 -1.552 0.1207
1 rs10173732 31404 A COV1 2607 0.2659 24.15 1.849e-116
1 rs11684864 2547285 G ADD 2596 -0.009581 -0.6387 0.5231
1 rs11684864 2547285 G COV1 2596 0.2672 24.18 1.212e-116
1 rs11684864 2547285 G COV2 2596 0.004941 9.564 2.548e-21
       8    rs3826201   88651817    T       COV3     2576    -0.0186        -15.7    4.335e-53
3 rs8047319 88684276 C ADD 2538 0.01115 1.271 0.204
3 rs8047319 88684276 C COV1 2538 0.2632 23.73 1.402e-112
3 rs8047319 88684276 C COV2 2538 0.005039 9.715 6.276e-22
3 rs8047319 88684276 C COV3 2538 -0.01891 -15.9 2.583e-54

您将如何更正更通用的内容(这意味着即使特定行的缩进不同,它也可以工作),并且不会改变原始文件的缩进?

共有2个答案

蔡宏大
2023-03-14

您可以在sed中进行替换:

sed 's/^\( *\)2/\11/ ; s/^\( *\)8/\12/ ; s/^\( *\)16/\1 3/'

这将在一个脚本中完成所有三个替换^\(*\)捕获行首和数字之前的所有空格<代码>\1替换它们以保留缩进。出于同样的原因,我将16替换为3

孔阳平
2023-03-14

与GNU awk的第三个参数匹配():

$ awk 'BEGIN { m[2]=1; m[8]=2; m[16]=3 }
    $1 in m { match($0,/(\s*\S+)(.*)/,a); $0=sprintf("%*s",length(a[1]),m[$1]) a[2] }
  1' file
CHR          SNP         BP   A1       TEST    NMISS       BETA         STAT            P
   1   rs10173732      31404    A        ADD     2607   -0.02162       -1.552       0.1207
   1   rs10173732      31404    A       COV1     2607     0.2659        24.15   1.849e-116
   1   rs11684864    2547285    G        ADD     2596  -0.009581      -0.6387       0.5231
   1   rs11684864    2547285    G       COV1     2596     0.2672        24.18   1.212e-116
   1   rs11684864    2547285    G       COV2     2596   0.004941        9.564    2.548e-21
   2    rs3826201   88651817    T       COV3     2576    -0.0186        -15.7    4.335e-53
   3    rs8047319   88684276    C        ADD     2538    0.01115        1.271        0.204
   3    rs8047319   88684276    C       COV1     2538     0.2632        23.73   1.402e-112
   3    rs8047319   88684276    C       COV2     2538   0.005039        9.715    6.276e-22
   3    rs8047319   88684276    C       COV3     2538   -0.01891        -15.9    2.583e-54

如果1、2和3值只是一个增量索引:

$ awk 'BEGIN{split("2 8 16",t); for (i in t) m[t[i]]=i} $1 in m{match($0,/(\s*\S+)(.*)/,a); $0=sprintf("%*s",length(a[1]),m[$1]) a[2]} 1' file
CHR          SNP         BP   A1       TEST    NMISS       BETA         STAT            P
   1   rs10173732      31404    A        ADD     2607   -0.02162       -1.552       0.1207
   1   rs10173732      31404    A       COV1     2607     0.2659        24.15   1.849e-116
   1   rs11684864    2547285    G        ADD     2596  -0.009581      -0.6387       0.5231
   1   rs11684864    2547285    G       COV1     2596     0.2672        24.18   1.212e-116
   1   rs11684864    2547285    G       COV2     2596   0.004941        9.564    2.548e-21
   2    rs3826201   88651817    T       COV3     2576    -0.0186        -15.7    4.335e-53
   3    rs8047319   88684276    C        ADD     2538    0.01115        1.271        0.204
   3    rs8047319   88684276    C       COV1     2538     0.2632        23.73   1.402e-112
   3    rs8047319   88684276    C       COV2     2538   0.005039        9.715    6.276e-22
   3    rs8047319   88684276    C       COV3     2538   -0.01891        -15.9    2.583e-54

或者您根本不需要指定现有的1美元值:

$ awk 'NR>1{ if ($1!=p) {c++++; p=$1} match($0,/(\s*\S+)(.*)/,a); $0=sprintf("%*s",length(a[1]),c) a[2]} 1' file
CHR          SNP         BP   A1       TEST    NMISS       BETA         STAT            P
   1   rs10173732      31404    A        ADD     2607   -0.02162       -1.552       0.1207
   1   rs10173732      31404    A       COV1     2607     0.2659        24.15   1.849e-116
   1   rs11684864    2547285    G        ADD     2596  -0.009581      -0.6387       0.5231
   1   rs11684864    2547285    G       COV1     2596     0.2672        24.18   1.212e-116
   1   rs11684864    2547285    G       COV2     2596   0.004941        9.564    2.548e-21
   2    rs3826201   88651817    T       COV3     2576    -0.0186        -15.7    4.335e-53
   3    rs8047319   88684276    C        ADD     2538    0.01115        1.271        0.204
   3    rs8047319   88684276    C       COV1     2538     0.2632        23.73   1.402e-112
   3    rs8047319   88684276    C       COV2     2538   0.005039        9.715    6.276e-22
   3    rs8047319   88684276    C       COV3     2538   -0.01891        -15.9    2.583e-54
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