在ImageJ（斐济）宏中设置阈值和批处理

Question

我知道这已经发布在其他地方，这并不是一个困难的问题，但我对在斐济编写宏非常陌生，甚至很难理解各种在线资源中描述的解决方案。

我有一系列的图像都在同一个文件夹中，希望对它们应用相同的操作，并将生成的excel文件和图像保存在输出文件夹中。具体来说，我想打开，平滑图像，进行最大强度Z投影，然后将图像阈值设置为相同的相对值。

这个阈值是导致问题的一个步骤。通过相对值，我的意思是我想设置阈值，以便包含强度直方图的相同%。目前，在斐济，如果你去图像

将阈值应用于MIP后，我将其转换为二进制，进行粒子分析并保存结果（汇总表、结果、图像覆盖）。

我的方法是尝试并自动化所有步骤/进行批处理，但我一直很难根据在线指示调整我编写的内容。相反，我只是一个接一个地打开目录中的每个图像，应用我编写的宏，然后手动保存结果。显然，这是一个乏味的方法，所以任何帮助将不胜感激！

我一直在使用的简单宏：

 run("Smooth", "stack");
 run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");

 setAutoThreshold("Default");
 //run("Threshold...");
 run("Convert to Mask");

 run("Make Binary");
 run("Analyze Particles...", "  show=[Overlay Masks] display exclude clear include summarize in_situ");

Answer 1

你可以使用这个过程▶ 一批▶ 宏。。。这个命令。

有关更多详细信息，请参阅ImageJ wiki的批处理页面。