从Pandas DataFrame构造NetworkX图

Question

我想从一个简单的Pandas DataFrame创建一些NetworkX图：

        Loc 1   Loc 2   Loc 3   Loc 4   Loc 5   Loc 6   Loc 7
Foo     0       0       1       1       0       0           0
Bar     0       0       1       1       0       1           1
Baz     0       0       1       0       0       0           0
Bat     0       0       1       0       0       1           0
Quux    1       0       0       0       0       0           0

哪里Foo…是指数，并Loc 1以Loc 7是列。但是转换为Numpy矩阵或Recarray似乎无法为生成输入nx.Graph()。是否有实现这一目标的标准策略？我不反对在Pandas中重新格式化数据->转储到CSV->导入到NetworkX，但是似乎我应该能够从索引生成边缘，并从值生成节点。

Answer 1

NetworkX期望一个（节点和边的）方阵，也许*您想通过它：

In [11]: df2 = pd.concat([df, df.T]).fillna(0)

注意：索引和列的顺序相同很重要！

In [12]: df2 = df2.reindex(df2.columns)

In [13]: df2
Out[13]: 
       Bar  Bat  Baz  Foo  Loc 1  Loc 2  Loc 3  Loc 4  Loc 5  Loc 6  Loc 7  Quux
Bar      0    0    0    0      0      0      1      1      0      1      1     0
Bat      0    0    0    0      0      0      1      0      0      1      0     0
Baz      0    0    0    0      0      0      1      0      0      0      0     0
Foo      0    0    0    0      0      0      1      1      0      0      0     0
Loc 1    0    0    0    0      0      0      0      0      0      0      0     1
Loc 2    0    0    0    0      0      0      0      0      0      0      0     0
Loc 3    1    1    1    1      0      0      0      0      0      0      0     0
Loc 4    1    0    0    1      0      0      0      0      0      0      0     0
Loc 5    0    0    0    0      0      0      0      0      0      0      0     0
Loc 6    1    1    0    0      0      0      0      0      0      0      0     0
Loc 7    1    0    0    0      0      0      0      0      0      0      0     0
Quux     0    0    0    0      1      0      0      0      0      0      0     0

In[14]: graph = nx.from_numpy_matrix(df2.values)

如果您希望这样做，则不会将列/索引名称传递给图形relabel_nodes（您可能需要警惕重复，这在熊猫的DataFrames中是允许的）：

In [15]: graph = nx.relabel_nodes(graph, dict(enumerate(df2.columns))) # is there nicer  way than dict . enumerate ?

*目前尚不清楚所需图形的列和索引代表什么。