Java中的HDF5：可用API之间有什么区别？

Question

我刚刚发现了HDF5格式，正在考虑使用它来存储分布在Java应用程序服务器群集上的3D数据。我发现有几种可用于Java的实现，并且想知道它们之间的区别：

• Java HD5接口（JHI5） HDF组本身的Java包装器。

• JHDF5（用于Java的HDF5）

• 多年冻土

• Nujan：纯Java NetCDF4和HDF5编写器（无法读取HDF5）

最重要的是，我想知道：

• 涵盖了多少本机API，本机A​​PI中不存在任何限制？

• 是否支持“ Parallel HDF5”？

• 加载3D数据后，每次访问3D数组中的一个元素时，我都得到“本地调用开销”吗？也就是说，数据实际上变成了Java对象，还是留在了“本地/ JNI内存”中？

• 由于本机代码崩溃通常会使整个JVM崩溃，因此特定实现是否存在已知的 稳定性 问题？

Answer 1

HDF Java遵循分层方法：

• JHI5-低级JNI包装器：非常灵活，但使用起来也很繁琐。

• Java HDF对象包-基于JHI5的高级接口。

• HDFView-基于Java HDF对象包的基于Java的查看器应用程序。

JHDF5在JHI5层上提供了一个高级接口，该接口提供了HDF5到Java的大部分功能。该API的学习曲线较浅，并向开发人员隐藏了大部分整理工作。您可以在JHDF5的JHI5接口上运行Java
HDF对象包（和HDFView），因此这两个API可以在一个Java程序中共存。

到目前为止，Permafrost和Nujan似乎还远远不够完善，并且Permafrost最近还没有看到很多活动，因此，它们似乎并不是此时的首选。

我认为对您来说，一条不错的途径是同时查看Java HDF5对象包和JHDF5，确定两种API中的哪一种更好地满足您的需求，然后再使用它。

免责声明：我已经在JHDF5接口上工作，所以我可能会有所偏见。