在启动时运行R脚本

Question

首先，这可能需要移至超级用户。我无法确定哪个场地更好。

我正在尝试编写一个将在启动/重新启动时运行的R脚本，并将该计算机添加到doRedis工作者池中。（doRedis是一个foreach后端）。

这是我的R脚本“〜/ Rworker.R”

#Define Parameters
require(multicore)
Host <- 'ip_of_doRedis_Server'
cores <- multicore:::detectCores()
TO <- 24*3600

#Start Workers
require('doRedis')
startLocalWorkers(cores,'jobs',host=Host,port=6379, timeout = TO)

我可以使用command从命令行运行此脚本 sudo R CMD BATCH ~/Rworker.R ~/RLog。

接下来，我编写了一个shell脚本来运行R脚本，标题为“ /etc/init.d/StartWorkers.sh”

#!/bin/sh
sudo echo "Starting R workers"
sudo R CMD BATCH ~/Rworker.R ~/RLog

我使用将该外壳脚本设为可执行文件chmod +x StartWorkers.sh。当我运行时，./StartWorkers.sh一切工作正常，R会话启动，工作线程被添加到池中。

现在，我需要这个shell脚本在引导/重新引导机器时运行，所以我键入 update-rc.d StartWorkers.sh defaults。该命令似乎有效，但是我收到以下警告：’update-
rc.d：警告：/etc/init.d/StartWorkers.sh缺少LSB信息’

但是，使用rcconf进行的检查确认“ StartWorkers.R”在启动列表中。

但是，当我重新启动计算机时，脚本无法运行。我究竟做错了什么？Shell脚本可以从命令行正常运行，但是在启动时尝试运行它会失败。

/编辑：好的，根据Dirk的回答，我安装了littler，并将’StartWorkers.sh’更改为以下内容：

#! /usr/bin/r

#Define Parameters
require(multicore)
Host <- 'zachec2.dyndns.org'
cores <- multicore:::detectCores()
TO <- 24*3600

#Start Workers
require('doRedis')
startLocalWorkers(cores,'jobs',host=Host,port=6379, timeout = TO)

但是当我运行它时，得到以下输出：

Loading required package: utils
Loading required package: multicore
Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called 'multicore'
Error in loadNamespace(name) : there is no package called 'multicore'
Calls: ::: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

我知道我的系统上安装了多核！

/ EDIT2：我必须将所有R程序包都移到其中cd /usr/lib/R/site-library，而littler
shell脚本现在可以运行了。我添加了脚本/etc/rc.local，它可以完美启动！

Answer 1

这有点像R问题，有点像Ubuntu的系统管理问题。这里有几点：

1. 对于简单的启动任务，我建议仅使用/etc/rc.local可以在其中添加作业的位置。

2. 我只是不喜欢R CMD BATCH，这就是为什么我和Jeff Horner编写littler可以为您提供/usr/bin/r更轻松的R脚本的原因。R本身也给你Rscript; 谁都比R CMD BATCH。

3. 要测试脚本，只需以超级用户身份运行它们。一旦完成操作，请将其添加到中/etc/rc.local。

希望这可以帮助。该r-sig-debian列表也是Ubuntu / Debian技巧的很好来源。