Python-通过Shell脚本激活conda env

Question

我希望运行一个简单的Shell脚本来简化某些conda环境的管理。condaactivate在linuxos中通过os激活conda环境在shell中工作正常，但在shell脚本中却存在问题。有人可以指出为什么发生这种情况的正确方向吗？

重复该问题的示例：

# default conda env
$ conda info|egrep "conda version|active environment"
     active environment : base
          conda version : 4.6.9

# activate new env to prove that it works
$ conda activate scratch
$ conda info|egrep "conda version|active environment"
     active environment : scratch
          conda version : 4.6.9

# revert back to my original conda env
$ conda activate base

$ cat shell_script.sh
#!/bin/bash
conda activate scratch

# run shell script - this will produce an error even though it succeeded above
$ ./shell_script.sh

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

Answer 1

错误消息很有帮助-告诉您在运行脚本的子外壳中未正确设置conda。要在脚本中使用conda，您将需要（如错误消息所述）运行conda init bash（或您的外壳是什么）首先。conda的行为及其设置方式取决于您的conda版本，但4.4+版本行为的原因conda是取决于conda
shell本身通常设置的某些环境变量。最重要的是，此变更日志条目解释了为什么您的conda activate和deactivate命令在4.4及更高版本中不再表现出预期的行为。

有关此问题的更多讨论，请参见GitHub上的官方conda问题。

编辑：更多研究告诉我，condainit错误消息中提到的功能实际上是v4.6.0的新功能，该功能允许快速设置环境，以便您可以使用它condaactivate来代替旧的source activate。但是，这样做的原因是它添加/更改了当前shell的几个环境变量，并且还更改了RC文件（例如.bashrc：），并且RC文件的更改从未在当前shell中被获取-
仅在新创建的容器中贝壳。（除非您当然再次提供.bashrc）。实际上，conda init --help尽可能多地说：

重要信息：运行后conda init，大多数外壳都需要关闭并重新启动才能使更改生效

但是，你显然已经运行conda init，因为你 是 能够使用conda activate交互。实际上，如果打开.bashrc，您应该能够看到conda教您的shell在哪里寻找conda命令，从而添加了几行内容。但是，脚本的问题在于，.bashrc
不是
由运行shell脚本的子shell所提供的（有关更多信息，请参见此答案）。这意味着，即使您非登录交互式shell看到了conda命令，您的非交互式脚本子shell也不会-
不管您调用多少次conda init。

这就导致了一个猜想（我自己在Linux上没有conda，所以我无法对其进行测试），可以通过如下方式运行您的脚本：

bash -i shell_script.sh

您应该可以conda activate正常工作。为什么？-i是一个bash标志，告诉外壳程序您将开始以交互方式运行，这意味着它将自动获取您的.bashrc。这应该足以使您能够像正常使用一样在脚本中使用conda。