是什么导致NetworkX和PyGraphViz单独运行但不能一起正常运行？

Question

我正在努力学习一些Python图形可视化。我发现一些博客文章做了一些
我想尝试的事情。不幸的是，我并没有走太远，遇到了这个错误：AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

在我的系统上 重现错误 的最简单的代码片段是这样，

In [1]: import networkx as nx
In [2]: G=nx.complete_graph(5)
In [3]: nx.draw_graphviz(G)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-481ad1c1771c> in <module>()
----> 1 nx.draw_graphviz(G)
/usr/lib/python2.7/site-packages/networkx/drawing/nx_pylab.pyc in draw_graphviz(G, prog, **kwargs)
982 See networkx.draw_networkx() for a description of optional keywords.
983 """
--> 984 pos = nx.drawing.graphviz_layout(G, prog)
985 draw(G, pos, **kwargs)
986
AttributeError: 'module' object has no attribute 'graphviz_layout'

我发现了类似的问题，并且帖子对此组合有困难，但错误并不完全相同。一个很近，但是它自动解决了。

首先，我核实了所有所需的软件包
为NetworkX和PyGraphViz（其中列出了类似的要求SciPy的进行安装）。

接下来，我寻找了一些片段来测试我在Python中安装这些模块的情况。
前两个示例来自NetworkX参考文档。这列出了同时使用MatPlotLib和GraphViz的一些示例片段。

MatPlotLib代码示例对我有用（将图像渲染到屏幕上） ，

In [11]: import networkx as nx
In [12]: G=nx.complete_graph(5)
In [13]: import matplotlib.pyplot as plt
In [13]: nx.draw(G)
In [13]: plt.show()

但是， GraphViz片段也会产生类似的错误，

In [16]: import networkx as nx
In [17]: G=nx.complete_graph(5)
In [18]: H=nx.from_agraph(A)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-18-808fa68cefaa> in <module>()
----> 1 H=nx.from_agraph(A)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'from_agraph'
In [19]: A=nx.to_agraph(G)
------------------------------------------------------------
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-19-32d1616bb41a> in <module>()
----> 1 A=nx.to_agraph(G)
AttributeError: 'module' object has no attribute 'to_agraph'
In [20]: print G
complete_graph(5)

然后，我尝试
了Layout＆Drawing上 PyGraphViz的教程页面 。这也有一些剪。 PyGraphViz
与Neato（默认），PyDot和Circo Post Script输出（使用Gimp查看） 一起传递
。（唯一的区别是这些PyGraphViz示例未呈现到显示器，而是呈现到文件）。

In [1]: import pygraphviz as pgv
In [2]: d={'1': {'2': None}, '2': {'1': None, '3': None}, '3': {'2': None}}
In [3]: A=pgv.AGraph(d)
In [4]: A.write("pygraphviz_test_01.dot")
In [5]: A.layout()
In [6]: A.draw('pygraphviz_test_01.png')

*PyGraphViz *增加了复杂性，
因此需要GraphViz软件包二进制文件才能正常工作。我正在使用Arch
Linux，并安装了该发行版的版本。Arch
Linux有一个示例来测试安装（再次，输出到文件）
也通过了 。

我想念什么？ 是什么导致NetworkX和PyGraphViz单独运行但不能一起正常运行？

Answer 1

draw_graphviz由于没有将graphviz绘图工具导入到networkx的顶级命名空间中的更改，触发了networkx-1.11中的函数中的一个小错误。

以下是解决方法

In [1]: import networkx as nx

In [2]: G = nx.complete_graph(5)

In [3]: from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout

In [4]: pos = graphviz_layout(G)

In [5]: nx.draw(G, pos)

要使用其他功能（如to_agraph，write_dot等），您需要明确使用较长的路径名

 nx.drawing.nx_agraph.write_dot()

或将函数导入顶级名称空间

from networkx.drawing.nx_agraph import write_dot()
write_dot()